Dependence of A-RNA simulations on the choice of the force field and salt strength
Identifikátory výsledku
Kód výsledku v IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216224%3A14310%2F09%3A00037460" target="_blank" >RIV/00216224:14310/09:00037460 - isvavai.cz</a>
Nalezeny alternativní kódy
RIV/68081707:_____/09:00333332 RIV/61989592:15310/09:00010143
Výsledek na webu
—
DOI - Digital Object Identifier
—
Alternativní jazyky
Jazyk výsledku
angličtina
Název v původním jazyce
Dependence of A-RNA simulations on the choice of the force field and salt strength
Popis výsledku v původním jazyce
We carried out an extensive molecular dynamics study on three A-RNA duplexes. Dependence of the A-RNA geometry on force fields (Parm99 and Parmbsc0) and salt strength conditions was investigated. The Parmbsc0 force field makes the A-RNA duplex more compact in comparison to the Parm99 by preventing temporary alfa/gama t/t flips common in Parm99 simulations. The stabilization of the A-RNA helices caused by the Parmbsc0 force field includes visible reduction of the major groove width, increase of the basepair roll, larger helical inclination and small increases of twist. Therefore, the Parmbsc0 shifts the simulated duplexes more deeply into the A-form.
Název v anglickém jazyce
Dependence of A-RNA simulations on the choice of the force field and salt strength
Popis výsledku anglicky
We carried out an extensive molecular dynamics study on three A-RNA duplexes. Dependence of the A-RNA geometry on force fields (Parm99 and Parmbsc0) and salt strength conditions was investigated. The Parmbsc0 force field makes the A-RNA duplex more compact in comparison to the Parm99 by preventing temporary alfa/gama t/t flips common in Parm99 simulations. The stabilization of the A-RNA helices caused by the Parmbsc0 force field includes visible reduction of the major groove width, increase of the basepair roll, larger helical inclination and small increases of twist. Therefore, the Parmbsc0 shifts the simulated duplexes more deeply into the A-form.
Klasifikace
Druh
J<sub>x</sub> - Nezařazeno - Článek v odborném periodiku (Jimp, Jsc a Jost)
CEP obor
BO - Biofyzika
OECD FORD obor
—
Návaznosti výsledku
Projekt
Výsledek vznikl pri realizaci vícero projektů. Více informací v záložce Projekty.
Návaznosti
P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)<br>Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)
Ostatní
Rok uplatnění
2009
Kód důvěrnosti údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Údaje specifické pro druh výsledku
Název periodika
Physical Chemistry Chemical Physics
ISSN
1463-9076
e-ISSN
—
Svazek periodika
11
Číslo periodika v rámci svazku
-
Stát vydavatele periodika
CZ - Česká republika
Počet stran výsledku
11
Strana od-do
—
Kód UT WoS článku
000271907200016
EID výsledku v databázi Scopus
—