Structural Dynamics of the Box C/D RNA Kink-Turn and Its Complex with Proteins: The Role of the A-Minor 0 Interaction, Long-Residency Water Bridges, and Structural Ion-Binding Sites Revealed by Molecular Simulations

Kód výsledku v IS VaVaI

RIV/00216224:14310/10:00044909 - isvavai.cz

Nalezeny alternativní kódy

RIV/68081707:_____/10:00347728 RIV/68081707:_____/10:00373418

Výsledek na webu

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Jazyk výsledku

angličtina

Název v původním jazyce

Structural Dynamics of the Box C/D RNA Kink-Turn and Its Complex with Proteins: The Role of the A-Minor 0 Interaction, Long-Residency Water Bridges, and Structural Ion-Binding Sites Revealed by Molecular Simulations

Popis výsledku v původním jazyce

The study is focused on investigation of Box C/D RNA Kink-Turn with two proteins: native archaeal L7ae protein and human 15.5 kDa protein. The simulations reveal structural details of the studied molecules on nanosecond time scale, i.e. structural dynamics of essential tertiary interaction within kink-turn, reduced kink-turn flexibility upon protein binding, structurally important water molecules and ion binding sites.

Název v anglickém jazyce

Structural Dynamics of the Box C/D RNA Kink-Turn and Its Complex with Proteins: The Role of the A-Minor 0 Interaction, Long-Residency Water Bridges, and Structural Ion-Binding Sites Revealed by Molecular Simulations

Popis výsledku anglicky

The study is focused on investigation of Box C/D RNA Kink-Turn with two proteins: native archaeal L7ae protein and human 15.5 kDa protein. The simulations reveal structural details of the studied molecules on nanosecond time scale, i.e. structural dynamics of essential tertiary interaction within kink-turn, reduced kink-turn flexibility upon protein binding, structurally important water molecules and ion binding sites.

Druh

J_x - Nezařazeno - Článek v odborném periodiku (Jimp, Jsc a Jost)

CEP obor

BO - Biofyzika

OECD FORD obor

—

Projekt

Výsledek vznikl pri realizaci vícero projektů. Více informací v záložce Projekty.

Návaznosti

Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)

Rok uplatnění

2010

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Název periodika

Jouranl of Physical Chemistry B

ISSN

1520-6106

e-ISSN

—

Svazek periodika

114

Číslo periodika v rámci svazku

32

Stát vydavatele periodika

CZ - Česká republika

Počet stran výsledku

13

Strana od-do

—

Kód UT WoS článku

00028072770004

EID výsledku v databázi Scopus

—