Problematic barcoding in flatworms: A case-study on monogeneans and rhabdocoels (Platyhelminthes)
Identifikátory výsledku
Kód výsledku v IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216224%3A14310%2F13%3A00094005" target="_blank" >RIV/00216224:14310/13:00094005 - isvavai.cz</a>
Výsledek na webu
<a href="http://dx.doi.org/10.3897/zookeys.365.5776" target="_blank" >http://dx.doi.org/10.3897/zookeys.365.5776</a>
DOI - Digital Object Identifier
<a href="http://dx.doi.org/10.3897/zookeys.365.5776" target="_blank" >10.3897/zookeys.365.5776</a>
Alternativní jazyky
Jazyk výsledku
angličtina
Název v původním jazyce
Problematic barcoding in flatworms: A case-study on monogeneans and rhabdocoels (Platyhelminthes)
Popis výsledku v původním jazyce
Some taxonomic groups are less amenable to mitochondrial DNA barcoding than others. Due to the paucity of molecular information of understudied groups and the huge molecular diversity within flatworms, primer design has been hampered. Indeed, all attempts to develop universal flatworm-specific COI markers have failed so far. We demonstrate how high molecular variability and contamination problems limit the possibilities for barcoding using standard COI-based protocols in flatworms. As a consequence, molecular identification methods often rely on other widely applicable markers. In the case of Monogenea, a very diverse group of platyhelminth parasites, and Rhabdocoela, representing one-fourth of all free-living flatworm taxa, this has led to a relatively high availability of nuclear ITS and 18S/28S rDNA sequences on GenBank. In a comparison of the effectiveness in species assignment we conclude that mitochondrial and nuclear ribosomal markers perform equally well.
Název v anglickém jazyce
Problematic barcoding in flatworms: A case-study on monogeneans and rhabdocoels (Platyhelminthes)
Popis výsledku anglicky
Some taxonomic groups are less amenable to mitochondrial DNA barcoding than others. Due to the paucity of molecular information of understudied groups and the huge molecular diversity within flatworms, primer design has been hampered. Indeed, all attempts to develop universal flatworm-specific COI markers have failed so far. We demonstrate how high molecular variability and contamination problems limit the possibilities for barcoding using standard COI-based protocols in flatworms. As a consequence, molecular identification methods often rely on other widely applicable markers. In the case of Monogenea, a very diverse group of platyhelminth parasites, and Rhabdocoela, representing one-fourth of all free-living flatworm taxa, this has led to a relatively high availability of nuclear ITS and 18S/28S rDNA sequences on GenBank. In a comparison of the effectiveness in species assignment we conclude that mitochondrial and nuclear ribosomal markers perform equally well.
Klasifikace
Druh
J<sub>x</sub> - Nezařazeno - Článek v odborném periodiku (Jimp, Jsc a Jost)
CEP obor
EG - Zoologie
OECD FORD obor
—
Návaznosti výsledku
Projekt
—
Návaznosti
S - Specificky vyzkum na vysokych skolach<br>I - Institucionalni podpora na dlouhodoby koncepcni rozvoj vyzkumne organizace
Ostatní
Rok uplatnění
2013
Kód důvěrnosti údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Údaje specifické pro druh výsledku
Název periodika
ZOOKEYS
ISSN
1313-2989
e-ISSN
—
Svazek periodika
2013
Číslo periodika v rámci svazku
365
Stát vydavatele periodika
BG - Bulharská republika
Počet stran výsledku
25
Strana od-do
355-379
Kód UT WoS článku
000329206600021
EID výsledku v databázi Scopus
—