Ultrastructure and 28S rDNA Phylogeny of Two Gregarines: Cephaloidophora cf. communis and Heliospora cf. longissima with Remarks on Gregarine Morphology and Phylogenetic Analysis
Identifikátory výsledku
Kód výsledku v IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216224%3A14310%2F14%3A00074448" target="_blank" >RIV/00216224:14310/14:00074448 - isvavai.cz</a>
Výsledek na webu
—
DOI - Digital Object Identifier
—
Alternativní jazyky
Jazyk výsledku
angličtina
Název v původním jazyce
Ultrastructure and 28S rDNA Phylogeny of Two Gregarines: Cephaloidophora cf. communis and Heliospora cf. longissima with Remarks on Gregarine Morphology and Phylogenetic Analysis
Popis výsledku v původním jazyce
18S rRNA gene sequences (SSU rDNA) in gregarines are problematic for phylogenetic analysis, mainly due to artifacts related to long branch attraction (LBA). In this study, we sequenced 18S rRNA (SSU rRNA), 5.8S rRNA, and 28S rRNA (LSU rRNA) genes of twogregarine species from crustacean hosts (gregarine superfamily Cephaloidophoroidea): Cephaloidophoracf. communisfrom a marine cirripedian Balanus balanus(White Sea), and Heliosporacf. longissimafrom the freshwater amphipods, Eulimnogammarus verrucosusandE. vittatus(Lake Baikal). Phylogenetic analyses of SSU rDNA sequences failed to produce a robust tree topology, for a limited taxon sample (31 operational taxonomic units (OTU), based on 1,604 sites), while LSU (2,869 sites), and concatenated dataset based on SSU, 5.8S, and LSU (4,627 sites) produced more consistent tree topologies for the same taxon sample.
Název v anglickém jazyce
Ultrastructure and 28S rDNA Phylogeny of Two Gregarines: Cephaloidophora cf. communis and Heliospora cf. longissima with Remarks on Gregarine Morphology and Phylogenetic Analysis
Popis výsledku anglicky
18S rRNA gene sequences (SSU rDNA) in gregarines are problematic for phylogenetic analysis, mainly due to artifacts related to long branch attraction (LBA). In this study, we sequenced 18S rRNA (SSU rRNA), 5.8S rRNA, and 28S rRNA (LSU rRNA) genes of twogregarine species from crustacean hosts (gregarine superfamily Cephaloidophoroidea): Cephaloidophoracf. communisfrom a marine cirripedian Balanus balanus(White Sea), and Heliosporacf. longissimafrom the freshwater amphipods, Eulimnogammarus verrucosusandE. vittatus(Lake Baikal). Phylogenetic analyses of SSU rDNA sequences failed to produce a robust tree topology, for a limited taxon sample (31 operational taxonomic units (OTU), based on 1,604 sites), while LSU (2,869 sites), and concatenated dataset based on SSU, 5.8S, and LSU (4,627 sites) produced more consistent tree topologies for the same taxon sample.
Klasifikace
Druh
J<sub>x</sub> - Nezařazeno - Článek v odborném periodiku (Jimp, Jsc a Jost)
CEP obor
EG - Zoologie
OECD FORD obor
—
Návaznosti výsledku
Projekt
<a href="/cs/project/GBP505%2F12%2FG112" target="_blank" >GBP505/12/G112: ECIP - Evropské centrum ichtyoparazitologie</a><br>
Návaznosti
P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)
Ostatní
Rok uplatnění
2014
Kód důvěrnosti údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Údaje specifické pro druh výsledku
Název periodika
Acta Protozoologica
ISSN
0065-1583
e-ISSN
—
Svazek periodika
54/2015
Číslo periodika v rámci svazku
3
Stát vydavatele periodika
PL - Polská republika
Počet stran výsledku
30
Strana od-do
"nestrankovano"
Kód UT WoS článku
—
EID výsledku v databázi Scopus
—