Eudiplozoon nipponicum (Monogenea): Challenge for next-generation sequencing

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216224%3A14310%2F15%3A00081125" target="_blank" >RIV/00216224:14310/15:00081125 - isvavai.cz</a>

Výsledek na webu

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Jazyk výsledku

angličtina

Název v původním jazyce

Eudiplozoon nipponicum (Monogenea): Challenge for next-generation sequencing

Popis výsledku v původním jazyce

Eudiplozoon nipponicum (family Diplozoidae, Polyopisthocotylea) is the hematophagous ectoparasite from the gills of cyprinid fish (Cyprinus carpio). The properties of genes (e.g. identity, structure, evolution) and proteins (e.g. function) of the membersfrom the family Monogenea are among the less investigated in whole phylum Platyhelminthes. Up to now only two genomes and one transcriptome of monogenean species have been sequenced genome of Protopolystoma xenopodis (Polyopisthocotylea) and Gyrodactylus salaris (Monopisthocotylea) and transcriptome of Neobenedenia melleni. Therefore we adopted the Illumina MiSeq/HiSeq techniques for sequencing the genomic DNA and RNA isolated from adult worms of E. nipponicum. This was followed by comprehensive bioinformatic analysis of sequential data.

Název v anglickém jazyce

Eudiplozoon nipponicum (Monogenea): Challenge for next-generation sequencing

Popis výsledku anglicky

Eudiplozoon nipponicum (family Diplozoidae, Polyopisthocotylea) is the hematophagous ectoparasite from the gills of cyprinid fish (Cyprinus carpio). The properties of genes (e.g. identity, structure, evolution) and proteins (e.g. function) of the membersfrom the family Monogenea are among the less investigated in whole phylum Platyhelminthes. Up to now only two genomes and one transcriptome of monogenean species have been sequenced genome of Protopolystoma xenopodis (Polyopisthocotylea) and Gyrodactylus salaris (Monopisthocotylea) and transcriptome of Neobenedenia melleni. Therefore we adopted the Illumina MiSeq/HiSeq techniques for sequencing the genomic DNA and RNA isolated from adult worms of E. nipponicum. This was followed by comprehensive bioinformatic analysis of sequential data.

Druh

O - Ostatní výsledky

CEP obor

EG - Zoologie

OECD FORD obor

—

Projekt

Výsledek vznikl pri realizaci vícero projektů. Více informací v záložce Projekty.

Návaznosti

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)<br>S - Specificky vyzkum na vysokych skolach

Rok uplatnění

2015

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů