PDBImages: a command-line tool for automated macromolecular structure visualization

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216224%3A14310%2F23%3A00134386" target="_blank" >RIV/00216224:14310/23:00134386 - isvavai.cz</a>

Výsledek na webu

<a href="https://academic.oup.com/bioinformatics/article/39/12/btad744/7470737" target="_blank" >https://academic.oup.com/bioinformatics/article/39/12/btad744/7470737</a>

DOI - Digital Object Identifier

<a href="http://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btad744" target="_blank" >10.1093/bioinformatics/btad744</a>

Jazyk výsledku

angličtina

Název v původním jazyce

PDBImages: a command-line tool for automated macromolecular structure visualization

Popis výsledku v původním jazyce

PDBImages is an innovative, open-source Node.js package that harnesses the power of the popular macromolecule structure visualization software Mol*. Designed for use by the scientific community, PDBImages provides a means to generate high-quality images for PDB and AlphaFold DB models. Its unique ability to render and save images directly to files in a browserless mode sets it apart, offering users a streamlined, automated process for macromolecular structure visualization. Here, we detail the implementation of PDBImages, enumerating its diverse image types, and elaborating on its user-friendly setup. This powerful tool opens a new gateway for researchers to visualize, analyse, and share their work, fostering a deeper understanding of bioinformatics.

Název v anglickém jazyce

PDBImages: a command-line tool for automated macromolecular structure visualization

Popis výsledku anglicky

PDBImages is an innovative, open-source Node.js package that harnesses the power of the popular macromolecule structure visualization software Mol*. Designed for use by the scientific community, PDBImages provides a means to generate high-quality images for PDB and AlphaFold DB models. Its unique ability to render and save images directly to files in a browserless mode sets it apart, offering users a streamlined, automated process for macromolecular structure visualization. Here, we detail the implementation of PDBImages, enumerating its diverse image types, and elaborating on its user-friendly setup. This powerful tool opens a new gateway for researchers to visualize, analyse, and share their work, fostering a deeper understanding of bioinformatics.

Druh

J_imp - Článek v periodiku v databázi Web of Science

CEP obor

—

OECD FORD obor

10201 - Computer sciences, information science, bioinformathics (hardware development to be 2.2, social aspect to be 5.8)

Projekt

<a href="/cs/project/GM22-30571M" target="_blank" >GM22-30571M: Cell*: webová platforma pro vizualizaci, modelování a dynamiku organelových a buněčných struktur</a><br>

Návaznosti

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)

Rok uplatnění

2023

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Název periodika

Bioinformatics

ISSN

1367-4803

e-ISSN

—

Svazek periodika

39

Číslo periodika v rámci svazku

12

Stát vydavatele periodika

GB - Spojené království Velké Británie a Severního Irska

Počet stran výsledku

4

Strana od-do

1-4

Kód UT WoS článku

001129833500001

EID výsledku v databázi Scopus

2-s2.0-85181177184