From Simple Regulatory Motifs to Parallel Model Checking of Complex Transcriptional Networks

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216224%3A14330%2F08%3A00024175" target="_blank" >RIV/00216224:14330/08:00024175 - isvavai.cz</a>

Výsledek na webu

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Jazyk výsledku

angličtina

Název v původním jazyce

From Simple Regulatory Motifs to Parallel Model Checking of Complex Transcriptional Networks

Popis výsledku v původním jazyce

The central mechanism which drives every living cell is protein synthesis, the so-called transcription, which is realized according to the genetic code. There are complex regulatory interactions that control transcription of genes to proteins. Owing to their inherent complexity, analysis of dynamical models of such interactions requires a scalable computational approach. In this paper we employ parallel LTL model checking for a case study of selected dynamic properties of an in silico model of transcription in Bacillus subtilis, a bacterium living in soil. Moreover, we show the general fact that crucial LTL properties characterising transcriptional dynamics can be inferred from network motifs commonly studied in systems biology.

Název v anglickém jazyce

From Simple Regulatory Motifs to Parallel Model Checking of Complex Transcriptional Networks

Popis výsledku anglicky

The central mechanism which drives every living cell is protein synthesis, the so-called transcription, which is realized according to the genetic code. There are complex regulatory interactions that control transcription of genes to proteins. Owing to their inherent complexity, analysis of dynamical models of such interactions requires a scalable computational approach. In this paper we employ parallel LTL model checking for a case study of selected dynamic properties of an in silico model of transcription in Bacillus subtilis, a bacterium living in soil. Moreover, we show the general fact that crucial LTL properties characterising transcriptional dynamics can be inferred from network motifs commonly studied in systems biology.

Druh

D - Stať ve sborníku

CEP obor

IN - Informatika

OECD FORD obor

—

Projekt

Výsledek vznikl pri realizaci vícero projektů. Více informací v záložce Projekty.

Návaznosti

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)<br>Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)

Rok uplatnění

2008

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Název statě ve sborníku

Proceedings of PDMC 2008 - Parallel and Distributed Methods ins VerifiCation

ISBN

—

ISSN

1571-0661

e-ISSN

—

Počet stran výsledku

15

Strana od-do

—

Název nakladatele

Ivana Cerna and Gerald Luettgen

Místo vydání

Budapest

Místo konání akce

Budapest

Datum konání akce

1. 1. 2008

Typ akce podle státní příslušnosti

WRD - Celosvětová akce

Kód UT WoS článku

—