Acquiarium: Free Software for the Acquisition and Analysis of 3D Images of Cells in Fluorescence Microscopy

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216224%3A14330%2F09%3A00035583" target="_blank" >RIV/00216224:14330/09:00035583 - isvavai.cz</a>

Výsledek na webu

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Jazyk výsledku

angličtina

Název v původním jazyce

Acquiarium: Free Software for the Acquisition and Analysis of 3D Images of Cells in Fluorescence Microscopy

Popis výsledku v původním jazyce

This paper describes free software (called Acquiarium, http://cbia.fi.muni.cz/acquiarium.html) for carrying out the common pipeline of many spatial cell studies using fluorescence microscopy. It addresses image capture, raw image correction, image segmentation, the quantification and spatial arrangement of segmented objects, volume rendering, and statistical evaluation. The software is designed for the easy processing of a collection of many 3D images. It can be used for the analysis of a collection of2D images or time lapse series of 2D or 3D images as well. It has a modular design and is extensible via plug-ins. The paper gives an overview of the software and its key design ideas.

Název v anglickém jazyce

Acquiarium: Free Software for the Acquisition and Analysis of 3D Images of Cells in Fluorescence Microscopy

Popis výsledku anglicky

This paper describes free software (called Acquiarium, http://cbia.fi.muni.cz/acquiarium.html) for carrying out the common pipeline of many spatial cell studies using fluorescence microscopy. It addresses image capture, raw image correction, image segmentation, the quantification and spatial arrangement of segmented objects, volume rendering, and statistical evaluation. The software is designed for the easy processing of a collection of many 3D images. It can be used for the analysis of a collection of2D images or time lapse series of 2D or 3D images as well. It has a modular design and is extensible via plug-ins. The paper gives an overview of the software and its key design ideas.

Druh

D - Stať ve sborníku

CEP obor

JC - Počítačový hardware a software

OECD FORD obor

—

Projekt

<a href="/cs/project/2B06052" target="_blank" >2B06052: Vytipování markerů, screening a časná diagnostika nádorových onemocnění pomocí vysoce automatizovaného zpracování multidimenzionálních biomedicínských obrazů</a><br>

Návaznosti

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)

Rok uplatnění

2009

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Název statě ve sborníku

IEEE International Symposium on Biomedical Imaging

ISBN

978-1-4244-3932-4

ISSN

1945-7936

e-ISSN

—

Počet stran výsledku

4

Strana od-do

—

Název nakladatele

IEEE

Místo vydání

Boston

Místo konání akce

Boston

Datum konání akce

28. 6. 2009

Typ akce podle státní příslušnosti

WRD - Celosvětová akce

Kód UT WoS článku

000270678400290