Quantification of Fluorescent Spots in Time Series of 3D Confocal Microscopy Images of Endoplasmic Reticulum Exit Sites Based on the HMAX Transform

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216224%3A14330%2F10%3A00042889" target="_blank" >RIV/00216224:14330/10:00042889 - isvavai.cz</a>

Výsledek na webu

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Jazyk výsledku

angličtina

Název v původním jazyce

Quantification of Fluorescent Spots in Time Series of 3D Confocal Microscopy Images of Endoplasmic Reticulum Exit Sites Based on the HMAX Transform

Popis výsledku v původním jazyce

We present an approach for the quantification of fluorescent spots in time series of 3-D confocal microscopy images of endoplasmic reticulum exit sites of dividing cells. Fluorescent spots are detected based on extracted image regions of highest responseusing the HMAX transform and prior convolution of the 3-D images with a Gaussian kernel. The sensitivity of the involved parameters was studied and a quantitative evaluation using both 3-D synthetic and 3-D real data was performed. The approach was successfully applied to more than one thousand 3-D confocal microscopy images.

Název v anglickém jazyce

Quantification of Fluorescent Spots in Time Series of 3D Confocal Microscopy Images of Endoplasmic Reticulum Exit Sites Based on the HMAX Transform

Popis výsledku anglicky

We present an approach for the quantification of fluorescent spots in time series of 3-D confocal microscopy images of endoplasmic reticulum exit sites of dividing cells. Fluorescent spots are detected based on extracted image regions of highest responseusing the HMAX transform and prior convolution of the 3-D images with a Gaussian kernel. The sensitivity of the involved parameters was studied and a quantitative evaluation using both 3-D synthetic and 3-D real data was performed. The approach was successfully applied to more than one thousand 3-D confocal microscopy images.

Druh

D - Stať ve sborníku

CEP obor

IN - Informatika

OECD FORD obor

—

Projekt

<a href="/cs/project/2B06052" target="_blank" >2B06052: Vytipování markerů, screening a časná diagnostika nádorových onemocnění pomocí vysoce automatizovaného zpracování multidimenzionálních biomedicínských obrazů</a><br>

Návaznosti

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)<br>Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)<br>S - Specificky vyzkum na vysokych skolach

Rok uplatnění

2010

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Název statě ve sborníku

Proceedings of SPIE Medical Imaging

ISBN

978-0-8194-8027-9

ISSN

—

e-ISSN

—

Počet stran výsledku

7

Strana od-do

—

Název nakladatele

Neuveden

Místo vydání

Neuveden

Místo konání akce

San Diego

Datum konání akce

1. 1. 2010

Typ akce podle státní příslušnosti

WRD - Celosvětová akce

Kód UT WoS článku

000284752800047