Parameter Scanning by Parallel Model Checking with Applications in Systems Biology
Identifikátory výsledku
Kód výsledku v IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216224%3A14330%2F10%3A00045419" target="_blank" >RIV/00216224:14330/10:00045419 - isvavai.cz</a>
Výsledek na webu
—
DOI - Digital Object Identifier
—
Alternativní jazyky
Jazyk výsledku
angličtina
Název v původním jazyce
Parameter Scanning by Parallel Model Checking with Applications in Systems Biology
Popis výsledku v původním jazyce
In this paper, a novel scalable method for scanning of kinetic parameter values in continuous (ODE) models of biological networks is provided. The presented method is property-driven, in particular, parameter values are scanned in order to satisfy a given dynamic property. The key result -- the parameter scanning method -- is based on an innovative adaptation of parallel LTL model checking for the framework of parameterized Kripke structures (PKS). First, we introduce the notion of PKS and we identify the parameter scanning and robustness analysis problems in this framework. Second, we present the algorithms for parallel LTL model checking on PKSs. Finally, the evaluation is provided on case studies of mammalian cell-cycle genetic regulatory network model and emph{E. Coli} ammonium transport model.
Název v anglickém jazyce
Parameter Scanning by Parallel Model Checking with Applications in Systems Biology
Popis výsledku anglicky
In this paper, a novel scalable method for scanning of kinetic parameter values in continuous (ODE) models of biological networks is provided. The presented method is property-driven, in particular, parameter values are scanned in order to satisfy a given dynamic property. The key result -- the parameter scanning method -- is based on an innovative adaptation of parallel LTL model checking for the framework of parameterized Kripke structures (PKS). First, we introduce the notion of PKS and we identify the parameter scanning and robustness analysis problems in this framework. Second, we present the algorithms for parallel LTL model checking on PKSs. Finally, the evaluation is provided on case studies of mammalian cell-cycle genetic regulatory network model and emph{E. Coli} ammonium transport model.
Klasifikace
Druh
D - Stať ve sborníku
CEP obor
IN - Informatika
OECD FORD obor
—
Návaznosti výsledku
Projekt
<a href="/cs/project/GA201%2F09%2F1389" target="_blank" >GA201/09/1389: Verifikace a analýza velmi velkých počítačových systémů</a><br>
Návaznosti
Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)<br>S - Specificky vyzkum na vysokych skolach<br>V - Vyzkumna aktivita podporovana z jinych verejnych zdroju
Ostatní
Rok uplatnění
2010
Kód důvěrnosti údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Údaje specifické pro druh výsledku
Název statě ve sborníku
Ninth International Workshop on Parallel and Distributed Methods in Verification, and Second International Workshop on High Performance Computational Systems Biology
ISBN
978-0-7695-4265-2
ISSN
—
e-ISSN
—
Počet stran výsledku
10
Strana od-do
—
Název nakladatele
IEEE Computer Society
Místo vydání
Los Alamitos
Místo konání akce
Enschede
Datum konání akce
1. 1. 2010
Typ akce podle státní příslušnosti
WRD - Celosvětová akce
Kód UT WoS článku
—