Segmentation and Shape Tracking of Whole Fluorescent Cells Based on the Chan-Vese Model

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216224%3A14330%2F13%3A00081861" target="_blank" >RIV/00216224:14330/13:00081861 - isvavai.cz</a>

Výsledek na webu

<a href="http://dx.doi.org/10.1109/TMI.2013.2243463" target="_blank" >http://dx.doi.org/10.1109/TMI.2013.2243463</a>

DOI - Digital Object Identifier

<a href="http://dx.doi.org/10.1109/TMI.2013.2243463" target="_blank" >10.1109/TMI.2013.2243463</a>

Jazyk výsledku

angličtina

Název v původním jazyce

Segmentation and Shape Tracking of Whole Fluorescent Cells Based on the Chan-Vese Model

Popis výsledku v původním jazyce

We present a fast and robust approach to tracking the evolving shape of whole fluorescent cells in time-lapse series. The proposed tracking scheme involves two steps. First, coherence-enhancing diffusion filtering is applied on each frame to reduce the amount of noise and enhance flow-like structures. Second, the cell boundaries are detected by minimizing the Chan?Vese model in the fast level set-like and graph cut frameworks. To allow simultaneous tracking of multiple cells over time, both frameworks have been integrated with a topological prior exploiting the object indication function. The potential of the proposed tracking scheme and the advantages and disadvantages of both frameworks are demonstrated on 2-D and 3-D time-lapse series of rat adipose-derived mesenchymal stem cells and human lung squamous cell carcinoma cells, respectively.

Název v anglickém jazyce

Segmentation and Shape Tracking of Whole Fluorescent Cells Based on the Chan-Vese Model

Popis výsledku anglicky

We present a fast and robust approach to tracking the evolving shape of whole fluorescent cells in time-lapse series. The proposed tracking scheme involves two steps. First, coherence-enhancing diffusion filtering is applied on each frame to reduce the amount of noise and enhance flow-like structures. Second, the cell boundaries are detected by minimizing the Chan?Vese model in the fast level set-like and graph cut frameworks. To allow simultaneous tracking of multiple cells over time, both frameworks have been integrated with a topological prior exploiting the object indication function. The potential of the proposed tracking scheme and the advantages and disadvantages of both frameworks are demonstrated on 2-D and 3-D time-lapse series of rat adipose-derived mesenchymal stem cells and human lung squamous cell carcinoma cells, respectively.

Druh

J_x - Nezařazeno - Článek v odborném periodiku (Jimp, Jsc a Jost)

CEP obor

EA - Morfologické obory a cytologie

OECD FORD obor

—

Projekt

<a href="/cs/project/EE2.3.30.0009" target="_blank" >EE2.3.30.0009: Zaměstnáním čerstvých absolventů doktorského studia k vědecké excelenci</a><br>

Návaznosti

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)

Rok uplatnění

2013

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Název periodika

IEEE Transactions on Medical Imaging

ISSN

0278-0062

e-ISSN

—

Svazek periodika

32

Číslo periodika v rámci svazku

6

Stát vydavatele periodika

US - Spojené státy americké

Počet stran výsledku

12

Strana od-do

995-1006

Kód UT WoS článku

000319701800003

EID výsledku v databázi Scopus

—