Precise Parameter Synthesis for Stochastic Biochemical Systems

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216224%3A14330%2F14%3A00077017" target="_blank" >RIV/00216224:14330/14:00077017 - isvavai.cz</a>

Výsledek na webu

<a href="http://dx.doi.org/10.1007/978-3-319-12982-2_7" target="_blank" >http://dx.doi.org/10.1007/978-3-319-12982-2_7</a>

DOI - Digital Object Identifier

<a href="http://dx.doi.org/10.1007/978-3-319-12982-2_7" target="_blank" >10.1007/978-3-319-12982-2_7</a>

Jazyk výsledku

angličtina

Název v původním jazyce

Precise Parameter Synthesis for Stochastic Biochemical Systems

Popis výsledku v původním jazyce

We consider the problem of synthesising rate parameters for stochastic biochemical networks so that a given time-bounded CSL property is guaranteed to hold, or, in the case of quantitative properties, the probability of satisfying the property is maximised/minimised. We develop algorithms based on the computation of lower and upper bounds of the probability, in conjunction with refinement and sampling, which yield answers that are precise to within an arbitrarily small tolerance value. Our methods are efficient and improve on existing approximate techniques that employ discretisation and refinement. We evaluate the usefulness of the methods by synthesising rates for two biologically motivated case studies, including the reliability analysis of a DNA walker.

Název v anglickém jazyce

Precise Parameter Synthesis for Stochastic Biochemical Systems

Popis výsledku anglicky

We consider the problem of synthesising rate parameters for stochastic biochemical networks so that a given time-bounded CSL property is guaranteed to hold, or, in the case of quantitative properties, the probability of satisfying the property is maximised/minimised. We develop algorithms based on the computation of lower and upper bounds of the probability, in conjunction with refinement and sampling, which yield answers that are precise to within an arbitrarily small tolerance value. Our methods are efficient and improve on existing approximate techniques that employ discretisation and refinement. We evaluate the usefulness of the methods by synthesising rates for two biologically motivated case studies, including the reliability analysis of a DNA walker.

Druh

D - Stať ve sborníku

CEP obor

IN - Informatika

OECD FORD obor

—

Projekt

—

Návaznosti

S - Specificky vyzkum na vysokych skolach

Rok uplatnění

2014

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Název statě ve sborníku

Computational Methods in Systems Biology

ISBN

9783319129815

ISSN

0302-9743

e-ISSN

—

Počet stran výsledku

13

Strana od-do

86-98

Název nakladatele

Springer International Publishing

Místo vydání

Switzerland

Místo konání akce

Manchester, UK

Datum konání akce

1. 1. 2014

Typ akce podle státní příslušnosti

WRD - Celosvětová akce

Kód UT WoS článku

—