Compact Representation of Photosynthesis Dynamics by Rule-based Models

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216224%3A14330%2F15%3A00083221" target="_blank" >RIV/00216224:14330/15:00083221 - isvavai.cz</a>

Výsledek na webu

<a href="http://dx.doi.org/10.1016/j.entcs.2015.06.008" target="_blank" >http://dx.doi.org/10.1016/j.entcs.2015.06.008</a>

DOI - Digital Object Identifier

<a href="http://dx.doi.org/10.1016/j.entcs.2015.06.008" target="_blank" >10.1016/j.entcs.2015.06.008</a>

Jazyk výsledku

angličtina

Název v původním jazyce

Compact Representation of Photosynthesis Dynamics by Rule-based Models

Popis výsledku v původním jazyce

Traditional mathematical models of photosynthesis are based on mass action kinetics of light reactions. This approach requires the modeller to enumerate all the possible state combinations of the modelled chemical species. This leads to combinatorial explosion in the number of reactions although the structure of the model could be expressed more compactly. We explore the use of rule-based modelling, in particular, a simplified variant of Kappa, to compactly capture and automatically reduce existing mathematical models of photosynthesis. Finally, the reduction procedure is implemented in BioNetGen language and demonstrated on several ODE models of photosynthesis processes.

Název v anglickém jazyce

Compact Representation of Photosynthesis Dynamics by Rule-based Models

Popis výsledku anglicky

Traditional mathematical models of photosynthesis are based on mass action kinetics of light reactions. This approach requires the modeller to enumerate all the possible state combinations of the modelled chemical species. This leads to combinatorial explosion in the number of reactions although the structure of the model could be expressed more compactly. We explore the use of rule-based modelling, in particular, a simplified variant of Kappa, to compactly capture and automatically reduce existing mathematical models of photosynthesis. Finally, the reduction procedure is implemented in BioNetGen language and demonstrated on several ODE models of photosynthesis processes.

Druh

D - Stať ve sborníku

CEP obor

IN - Informatika

OECD FORD obor

—

Projekt

<a href="/cs/project/EE2.3.20.0256" target="_blank" >EE2.3.20.0256: Vytvoření výzkumného týmu a mezinárodního konzorcia pro počítačový model buňky sinice</a><br>

Návaznosti

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)<br>S - Specificky vyzkum na vysokych skolach

Rok uplatnění

2015

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Název statě ve sborníku

5th International Workshop on Static Analysis and Systems Biology (SASB 2014)

ISBN

—

ISSN

1571-0661

e-ISSN

—

Počet stran výsledku

11

Strana od-do

17-27

Název nakladatele

Elsevier

Místo vydání

Neuveden

Místo konání akce

Mnichov

Datum konání akce

1. 1. 2014

Typ akce podle státní příslušnosti

WRD - Celosvětová akce

Kód UT WoS článku

—