High-Performance Symbolic Parameter Synthesis of Biological Models: A Case Study

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216224%3A14330%2F16%3A00088099" target="_blank" >RIV/00216224:14330/16:00088099 - isvavai.cz</a>

Výsledek na webu

<a href="http://dx.doi.org/10.1007/978-3-319-45177-0_6" target="_blank" >http://dx.doi.org/10.1007/978-3-319-45177-0_6</a>

DOI - Digital Object Identifier

<a href="http://dx.doi.org/10.1007/978-3-319-45177-0_6" target="_blank" >10.1007/978-3-319-45177-0_6</a>

Jazyk výsledku

angličtina

Název v původním jazyce

High-Performance Symbolic Parameter Synthesis of Biological Models: A Case Study

Popis výsledku v původním jazyce

Complex behaviour arising in biological systems is described by highly parameterised dynamical models. Most of the parameters are mutually dependent and therefore it is hard and computationally demanding to find admissible parameter values with respect to hypothesised constraints and wet-lab measurements. Recently, we have developed several high-performance techniques for parameter synthesis that are based on parallel coloured model checking. These methods allow to obtain parameter values that guarantee satisfaction of a given set of dynamical properties and parameter constraints. In this paper, we review the applicability of our techniques in the context of biological systems. In particular, we provide an extended analysis of a genetic switch controlling the regulation in mammalian cell cycle phase transition and a synthetic pathway for biodegradation of a toxic pollutant in E. coli.

Název v anglickém jazyce

High-Performance Symbolic Parameter Synthesis of Biological Models: A Case Study

Popis výsledku anglicky

Complex behaviour arising in biological systems is described by highly parameterised dynamical models. Most of the parameters are mutually dependent and therefore it is hard and computationally demanding to find admissible parameter values with respect to hypothesised constraints and wet-lab measurements. Recently, we have developed several high-performance techniques for parameter synthesis that are based on parallel coloured model checking. These methods allow to obtain parameter values that guarantee satisfaction of a given set of dynamical properties and parameter constraints. In this paper, we review the applicability of our techniques in the context of biological systems. In particular, we provide an extended analysis of a genetic switch controlling the regulation in mammalian cell cycle phase transition and a synthetic pathway for biodegradation of a toxic pollutant in E. coli.

Druh

D - Stať ve sborníku

CEP obor

IN - Informatika

OECD FORD obor

—

Projekt

Výsledek vznikl pri realizaci vícero projektů. Více informací v záložce Projekty.

Návaznosti

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)

Rok uplatnění

2016

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Název statě ve sborníku

Computational Methods in Systems Biology. CMSB 2016.

ISBN

9783319451763

ISSN

0302-9743

e-ISSN

—

Počet stran výsledku

16

Strana od-do

82-97

Název nakladatele

Springer International Publishing

Místo vydání

Neuveden

Místo konání akce

Cambridge, England

Datum konání akce

21. 9. 2016

Typ akce podle státní příslušnosti

WRD - Celosvětová akce

Kód UT WoS článku

—