Image-based Simulations of Tubular Network Formation

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216224%3A14330%2F20%3A00114090" target="_blank" >RIV/00216224:14330/20:00114090 - isvavai.cz</a>

Výsledek na webu

<a href="http://2020.biomedicalimaging.org/" target="_blank" >http://2020.biomedicalimaging.org/</a>

DOI - Digital Object Identifier

<a href="http://dx.doi.org/10.1109/ISBI45749.2020.9098736" target="_blank" >10.1109/ISBI45749.2020.9098736</a>

Jazyk výsledku

angličtina

Název v původním jazyce

Image-based Simulations of Tubular Network Formation

Popis výsledku v původním jazyce

The image-based simulations in biomedicine play an important role as the real image data are difficult to be fully and precisely annotated. An increasing capability of contemporary computers allows to model and simulate reasonably complicated structures and in the last years also the dynamic processes. In this paper, we introduce a complex 3D model that describes the structure and dynamics of the population of endothelial cells. The model is based on standard cellular Potts model. It describes the formation process of a complex tubular network of endothelial cells fully in 3D together with the simulation of the cell death called apoptosis. The generated network imitates the structure and behavior that can be observed in real phase-contrast microscopy. The generated image data may serve as a benchmark dataset for newly designed detection or tracking algorithms.

Název v anglickém jazyce

Image-based Simulations of Tubular Network Formation

Popis výsledku anglicky

The image-based simulations in biomedicine play an important role as the real image data are difficult to be fully and precisely annotated. An increasing capability of contemporary computers allows to model and simulate reasonably complicated structures and in the last years also the dynamic processes. In this paper, we introduce a complex 3D model that describes the structure and dynamics of the population of endothelial cells. The model is based on standard cellular Potts model. It describes the formation process of a complex tubular network of endothelial cells fully in 3D together with the simulation of the cell death called apoptosis. The generated network imitates the structure and behavior that can be observed in real phase-contrast microscopy. The generated image data may serve as a benchmark dataset for newly designed detection or tracking algorithms.

Druh

D - Stať ve sborníku

CEP obor

—

OECD FORD obor

10201 - Computer sciences, information science, bioinformathics (hardware development to be 2.2, social aspect to be 5.8)

Projekt

Výsledek vznikl pri realizaci vícero projektů. Více informací v záložce Projekty.

Návaznosti

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)

Rok uplatnění

2020

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Název statě ve sborníku

17th IEEE International Symposium on Biomedical Imaging

ISBN

9781538693308

ISSN

1945-7928

e-ISSN

—

Počet stran výsledku

5

Strana od-do

1608-1612

Název nakladatele

IEEE

Místo vydání

Neuveden

Místo konání akce

Iowa City, Iowa, USA

Datum konání akce

1. 1. 2020

Typ akce podle státní příslušnosti

WRD - Celosvětová akce

Kód UT WoS článku

000578080300336