Distribuované zpracování obrazu pro virtuální mikroskop

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216224%3A14610%2F09%3A00040462" target="_blank" >RIV/00216224:14610/09:00040462 - isvavai.cz</a>

Výsledek na webu

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Jazyk výsledku

čeština

Název v původním jazyce

Distribuované zpracování obrazu pro virtuální mikroskop

Popis výsledku v původním jazyce

Rozhraní virtuálního mikroskopu je součástí hypertextového dermatopatologického atlasu, atlasu fetální a novorozenecké patologie a hypertextového atlasu patologie (http://www.muni.cz/atlases). Tyto atlasy nabízejí velké množství klinických, makroskopických a mikroskopických obrázků spolu s krátkými vysvětlujícími popisy. Obrázky (preparáty) jsou snímány mikroskopem s vysokým rozlišením a pomocí digitální snímací kamery jsou importovány do obslužného počítače. Každý preparát je snímán v několika fokusovacích rovinách, které umožňují virtuálnímu mikroskopu přeostřovat. Snímek jednoho preparátu v jedné fokusovací rovině je tvořen maticí dlaždic. V digitální podobě je každá dlaždice reprezentována souborem s rozlišením 2500x1900 bodů. V jednom preparátu jevíce než 30000 dlaždic. Zpracování snímků mikroskopu je nejen výpočetně náročné, ale vyžaduje poměrně velkou šířku pásma pro přístup k disku a některé operace spotřebují i velké množství operační paměti.

Název v anglickém jazyce

Distributed Workflow for Virtual Microscope

Popis výsledku anglicky

Interface of virtual microscope forms a part of the hypertext atlas of Dermatopathology, the Atlas of Fetal and Neonatal Pathology and the hypertext atlas of Pathology (http://www.muni.cz/atlases). These atlases offer number of clinical macroscopic and microscopic images together with short introductory texts. Images are obtained in high resolution using automated microscope and image stitching, possibly in more focusing planes. Each histological image is formed by a matrix of tiles, each tile is a fileof 2500x1900 pixels. One histological image encompasses about 30,000 tiles. Histological images processing is not only computation intensive but requires high disk and network bandwidth either. Moreover, some operations require huge amount of system memory. Image processing is not optimal to run on a single workstation (even well dimensioned). We can utilize distributed computational infrastructure so that parts of image processing are run in parallel on many lightweight computer nodes.

Druh

A - Audiovizuální tvorba

CEP obor

IN - Informatika

OECD FORD obor

—

Projekt

<a href="/cs/project/1ET202090537" target="_blank" >1ET202090537: MediGrid - metody a nástroje pro využití sítě GRID v biomedicíně</a><br>

Návaznosti

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)

Rok uplatnění

2009

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

ISBN

978-80-7392-118-7

Místo vydání

Brno

Název nakladatele resp. objednatele

Masarykova univerzita

Verze

Mefanet 2009

Identifikační číslo nosiče

N/A