CaverDock 1.0

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216224%3A14610%2F17%3A00098438" target="_blank" >RIV/00216224:14610/17:00098438 - isvavai.cz</a>

Nalezeny alternativní kódy

RIV/00159816:_____/19:00071878

Výsledek na webu

<a href="https://loschmidt.chemi.muni.cz/caverdock/" target="_blank" >https://loschmidt.chemi.muni.cz/caverdock/</a>

DOI - Digital Object Identifier

—

Jazyk výsledku

angličtina

Název v původním jazyce

CaverDock 1.0

Popis výsledku v původním jazyce

CaverDock is a software tool for rapid analysis of transport processes in proteins. It models the transportation of a ligand - a substrate, a product, an inhibitor, a co-factor or a co-solvent - from outside environment into the protein active or binding site and vice versa. The input for the calculation is a protein structure in PDB format and a ligand structure in the PDBQ format. The outputs are ligand’s trajectory and energetic profile. CaverDock implements a novel algorithm which is based on molecular docking and is able to produce contiguous ligand trajectory and estimation of a binding energy along the pathway. The current version of CaverDock uses CAVER for pathway identification and heavily modified Autodock Vina as a docking engine. The tool is much faster than molecular dynamic simulations (2-20 min per job), making it suitable even for virtual screening. The software is extremely easy to use as it requires in its minimalistic configuration the setup for AutoDock Vina and geometry of the tunnel.

Název v anglickém jazyce

CaverDock 1.0

Popis výsledku anglicky

CaverDock is a software tool for rapid analysis of transport processes in proteins. It models the transportation of a ligand - a substrate, a product, an inhibitor, a co-factor or a co-solvent - from outside environment into the protein active or binding site and vice versa. The input for the calculation is a protein structure in PDB format and a ligand structure in the PDBQ format. The outputs are ligand’s trajectory and energetic profile. CaverDock implements a novel algorithm which is based on molecular docking and is able to produce contiguous ligand trajectory and estimation of a binding energy along the pathway. The current version of CaverDock uses CAVER for pathway identification and heavily modified Autodock Vina as a docking engine. The tool is much faster than molecular dynamic simulations (2-20 min per job), making it suitable even for virtual screening. The software is extremely easy to use as it requires in its minimalistic configuration the setup for AutoDock Vina and geometry of the tunnel.

Druh

R - Software

CEP obor

—

OECD FORD obor

10201 - Computer sciences, information science, bioinformathics (hardware development to be 2.2, social aspect to be 5.8)

Projekt

<a href="/cs/project/EF16_026%2F0008451" target="_blank" >EF16_026/0008451: Inženýrství nových biomateriálů a biofarmak pro diagnózu a léčbu cerebrovaskulárních a neurodegenerativních onemocnění</a><br>

Návaznosti

I - Institucionalni podpora na dlouhodoby koncepcni rozvoj vyzkumne organizace

Rok uplatnění

2017

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Interní identifikační kód produktu

CaverDock 1.0

Technické parametry

Software je dokončen a uvolněn uživatelům na adrese: https://loschmidt.chemi.muni.cz/caverdock/ kontaktní osoba prof. Damborský, UKB-Kamenice 5/A13, Brno 62500, tel.549493467, jiri@chemi.muni.cz

Ekonomické parametry

Výsledek je využitelný pro design enzymů s vylepšenými katalytickými vlastnostmi. Předpokládáme rovněž využití v oblasti designu nových léčiv. Licence pro akademické pracoviště bude zdarma, diskutována je placená verze pro uživatele z komerční sféry. Poskytnutí licence je diskutováno s Centrem pro transfer technologií MU.

IČO vlastníka výsledku

00216224

Název vlastníka

Masarykova univerzita