Improving ligand transport trajectory within flexible receptor in CaverDock
Identifikátory výsledku
Kód výsledku v IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216224%3A14610%2F22%3A00125815" target="_blank" >RIV/00216224:14610/22:00125815 - isvavai.cz</a>
Výsledek na webu
<a href="http://dx.doi.org/10.1145/3477314.3506988" target="_blank" >http://dx.doi.org/10.1145/3477314.3506988</a>
DOI - Digital Object Identifier
<a href="http://dx.doi.org/10.1145/3477314.3506988" target="_blank" >10.1145/3477314.3506988</a>
Alternativní jazyky
Jazyk výsledku
angličtina
Název v původním jazyce
Improving ligand transport trajectory within flexible receptor in CaverDock
Popis výsledku v původním jazyce
The receptor-ligand interactions are an important part of many biologically relevant processes. The small ligand molecule needs to pass via a tunnel into a receptor before the interaction of interest begins. Both receptor-ligand interaction and ligand pathway need to be studied. CaverDock is a computational tool that simulates the transport of the ligand in a tunnel. However, in its first version, CaverDock allowed only limited flexibility of the receptor, biasing the measured energy of ligand transportation. In this paper, we introduce two essential extensions to CaverDock. First, we combine its force field with AMBER, which allows to relax receptor’s geometry in tunnel bottlenecks. Second, we improve CaverDock heuristics for ligand trajectory search to obtain multiple variants of ligand trajectories, ideally with lower energy compared to the result of CaverDock 1.0. We experimentally demonstrate that the new heuristic is superior to the original one and that the receptor relaxation improves precision of CaverDock results.
Název v anglickém jazyce
Improving ligand transport trajectory within flexible receptor in CaverDock
Popis výsledku anglicky
The receptor-ligand interactions are an important part of many biologically relevant processes. The small ligand molecule needs to pass via a tunnel into a receptor before the interaction of interest begins. Both receptor-ligand interaction and ligand pathway need to be studied. CaverDock is a computational tool that simulates the transport of the ligand in a tunnel. However, in its first version, CaverDock allowed only limited flexibility of the receptor, biasing the measured energy of ligand transportation. In this paper, we introduce two essential extensions to CaverDock. First, we combine its force field with AMBER, which allows to relax receptor’s geometry in tunnel bottlenecks. Second, we improve CaverDock heuristics for ligand trajectory search to obtain multiple variants of ligand trajectories, ideally with lower energy compared to the result of CaverDock 1.0. We experimentally demonstrate that the new heuristic is superior to the original one and that the receptor relaxation improves precision of CaverDock results.
Klasifikace
Druh
D - Stať ve sborníku
CEP obor
—
OECD FORD obor
10201 - Computer sciences, information science, bioinformathics (hardware development to be 2.2, social aspect to be 5.8)
Návaznosti výsledku
Projekt
<a href="/cs/project/LM2018140" target="_blank" >LM2018140: e-Infrastruktura CZ</a><br>
Návaznosti
P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)
Ostatní
Rok uplatnění
2022
Kód důvěrnosti údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Údaje specifické pro druh výsledku
Název statě ve sborníku
SAC '22: Proceedings of the 37th ACM/SIGAPP Symposium on Applied Computing
ISBN
9781450387132
ISSN
—
e-ISSN
—
Počet stran výsledku
8
Strana od-do
619-626
Název nakladatele
Association for Computing Machinery
Místo vydání
USA
Místo konání akce
Brno, CZ
Datum konání akce
1. 1. 2022
Typ akce podle státní příslušnosti
WRD - Celosvětová akce
Kód UT WoS článku
—