Vše

Co hledáte?

Vše
Projekty
Výsledky výzkumu
Subjekty

Rychlé hledání

  • Projekty podpořené TA ČR
  • Významné projekty
  • Projekty s nejvyšší státní podporou
  • Aktuálně běžící projekty

Chytré vyhledávání

  • Takto najdu konkrétní +slovo
  • Takto z výsledků -slovo zcela vynechám
  • “Takto můžu najít celou frázi”

Improving ligand transport trajectory within flexible receptor in CaverDock

Identifikátory výsledku

  • Kód výsledku v IS VaVaI

    <a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216224%3A14610%2F22%3A00125815" target="_blank" >RIV/00216224:14610/22:00125815 - isvavai.cz</a>

  • Výsledek na webu

    <a href="http://dx.doi.org/10.1145/3477314.3506988" target="_blank" >http://dx.doi.org/10.1145/3477314.3506988</a>

  • DOI - Digital Object Identifier

    <a href="http://dx.doi.org/10.1145/3477314.3506988" target="_blank" >10.1145/3477314.3506988</a>

Alternativní jazyky

  • Jazyk výsledku

    angličtina

  • Název v původním jazyce

    Improving ligand transport trajectory within flexible receptor in CaverDock

  • Popis výsledku v původním jazyce

    The receptor-ligand interactions are an important part of many biologically relevant processes. The small ligand molecule needs to pass via a tunnel into a receptor before the interaction of interest begins. Both receptor-ligand interaction and ligand pathway need to be studied. CaverDock is a computational tool that simulates the transport of the ligand in a tunnel. However, in its first version, CaverDock allowed only limited flexibility of the receptor, biasing the measured energy of ligand transportation. In this paper, we introduce two essential extensions to CaverDock. First, we combine its force field with AMBER, which allows to relax receptor’s geometry in tunnel bottlenecks. Second, we improve CaverDock heuristics for ligand trajectory search to obtain multiple variants of ligand trajectories, ideally with lower energy compared to the result of CaverDock 1.0. We experimentally demonstrate that the new heuristic is superior to the original one and that the receptor relaxation improves precision of CaverDock results.

  • Název v anglickém jazyce

    Improving ligand transport trajectory within flexible receptor in CaverDock

  • Popis výsledku anglicky

    The receptor-ligand interactions are an important part of many biologically relevant processes. The small ligand molecule needs to pass via a tunnel into a receptor before the interaction of interest begins. Both receptor-ligand interaction and ligand pathway need to be studied. CaverDock is a computational tool that simulates the transport of the ligand in a tunnel. However, in its first version, CaverDock allowed only limited flexibility of the receptor, biasing the measured energy of ligand transportation. In this paper, we introduce two essential extensions to CaverDock. First, we combine its force field with AMBER, which allows to relax receptor’s geometry in tunnel bottlenecks. Second, we improve CaverDock heuristics for ligand trajectory search to obtain multiple variants of ligand trajectories, ideally with lower energy compared to the result of CaverDock 1.0. We experimentally demonstrate that the new heuristic is superior to the original one and that the receptor relaxation improves precision of CaverDock results.

Klasifikace

  • Druh

    D - Stať ve sborníku

  • CEP obor

  • OECD FORD obor

    10201 - Computer sciences, information science, bioinformathics (hardware development to be 2.2, social aspect to be 5.8)

Návaznosti výsledku

  • Projekt

    <a href="/cs/project/LM2018140" target="_blank" >LM2018140: e-Infrastruktura CZ</a><br>

  • Návaznosti

    P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)

Ostatní

  • Rok uplatnění

    2022

  • Kód důvěrnosti údajů

    S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Údaje specifické pro druh výsledku

  • Název statě ve sborníku

    SAC '22: Proceedings of the 37th ACM/SIGAPP Symposium on Applied Computing

  • ISBN

    9781450387132

  • ISSN

  • e-ISSN

  • Počet stran výsledku

    8

  • Strana od-do

    619-626

  • Název nakladatele

    Association for Computing Machinery

  • Místo vydání

    USA

  • Místo konání akce

    Brno, CZ

  • Datum konání akce

    1. 1. 2022

  • Typ akce podle státní příslušnosti

    WRD - Celosvětová akce

  • Kód UT WoS článku