AlphaFind

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216224%3A14610%2F24%3A00137317" target="_blank" >RIV/00216224:14610/24:00137317 - isvavai.cz</a>

Výsledek na webu

<a href="https://github.com/Coda-Research-Group/AlphaFind" target="_blank" >https://github.com/Coda-Research-Group/AlphaFind</a>

DOI - Digital Object Identifier

<a href="http://dx.doi.org/10.5281/zenodo.11085862" target="_blank" >10.5281/zenodo.11085862</a>

Jazyk výsledku

angličtina

Název v původním jazyce

AlphaFind

Popis výsledku v původním jazyce

AlphaFind is a web-based search engine that allows for structure-based search of the entire AlphaFold Protein Structure Database. Uniprot ID, PDB ID, or Gene Symbol is accepted as input – the engine will return the most similar proteins found within AlphaFold DB, with an option for additional search to extend and refine the results. The search results are grouped by their source organism and displayed along with several similarity metrics. 3D visualizations of the structural superposition of the proteins are provided, and text filters can be used to find specific organisms or Uniprot IDs. For details about the methodology and usage, please see the manual. This website is free and open to all users and there is no login requirement.

Název v anglickém jazyce

AlphaFind

Popis výsledku anglicky

AlphaFind is a web-based search engine that allows for structure-based search of the entire AlphaFold Protein Structure Database. Uniprot ID, PDB ID, or Gene Symbol is accepted as input – the engine will return the most similar proteins found within AlphaFold DB, with an option for additional search to extend and refine the results. The search results are grouped by their source organism and displayed along with several similarity metrics. 3D visualizations of the structural superposition of the proteins are provided, and text filters can be used to find specific organisms or Uniprot IDs. For details about the methodology and usage, please see the manual. This website is free and open to all users and there is no login requirement.

Druh

R - Software

CEP obor

—

OECD FORD obor

10200 - Computer and information sciences

Projekt

Výsledek vznikl pri realizaci vícero projektů. Více informací v záložce Projekty.

Návaznosti

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)<br>S - Specificky vyzkum na vysokych skolach

Rok uplatnění

2024

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Interní identifikační kód produktu

2024/01

Technické parametry

Programovací jazyky: Systém je vyvíjen pomocí TypeScriptu. Architektura systému: Kódová základna je organizována do tří hlavních komponent: - Školení: Zvládá školení modelů a vytváření indexů - API (Backend): Spravuje backendové služby a zpracování dat. - UI (Frontend): Spravuje uživatelské rozhraní a interakce na straně klienta. Závislosti: AlphaFind využívá USalign pro úlohy strukturálního zarovnání. Nasazení: Aplikace je kontejnerizována pomocí Dockeru, což usnadňuje konzistentní nasazení v různých prostředích. Licencování: Projekt je licencován pod licencí MIT a licencí Apache 2.0. Úplné podrobnosti, včetně pokynů k nastavení a pokynů k použití, naleznete v úložišti AlphaFind GitHub (https://github.com/Coda-Research-Group/AlphaFind).

Ekonomické parametry

Open-source software dostupný zdarma pod licencí MIT. Žádný přímý ekonomický přínos.

IČO vlastníka výsledku

00216224

Název vlastníka

Masaryk University