A-Minor Tertiary Interactions in RNA Kink-Turns. Molecular Dynamics and Quantum Chemical Analysis
Identifikátory výsledku
Kód výsledku v IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216224%3A14740%2F11%3A00056001" target="_blank" >RIV/00216224:14740/11:00056001 - isvavai.cz</a>
Nalezeny alternativní kódy
RIV/68081707:_____/11:00370696
Výsledek na webu
<a href="http://dx.doi.org/10.1021/jp2065584" target="_blank" >http://dx.doi.org/10.1021/jp2065584</a>
DOI - Digital Object Identifier
<a href="http://dx.doi.org/10.1021/jp2065584" target="_blank" >10.1021/jp2065584</a>
Alternativní jazyky
Jazyk výsledku
angličtina
Název v původním jazyce
A-Minor Tertiary Interactions in RNA Kink-Turns. Molecular Dynamics and Quantum Chemical Analysis
Popis výsledku v původním jazyce
The RNA kink-turn is an important recurrent RNA motif; an internal loop with characteristic consensus sequence forming highly conserved three-dimensional structure. Functional arrangement of RNA kink-turns shows a sharp bend in the phosphodiester backbone. Among other signature interactions, kink-turns form A-minor interaction between their two stems. Most kink-turns possess extended A-minor I (A-I) interaction where adenine of the second A center dot G base pair of the NC-stem interacts with the firstcanonical pair of the C-stem (i.e., the receptor pair) via trans-sugar-edge/sugar-edge (tSS) and cis-sugar-edge/sugar-edge (cSS) interactions. The remaining kink-turns have less compact A-minor 0 (A-0) interaction with just one tSS contact. We show thatkink-turns with A-I in ribosomal X-ray structures keep G=C receptor base pair during evolution while the inverted pair (C=G) is not realized. In contrast, kink-turns with A-0 in the observed structures alternate G=C and C=G base pairs in
Název v anglickém jazyce
A-Minor Tertiary Interactions in RNA Kink-Turns. Molecular Dynamics and Quantum Chemical Analysis
Popis výsledku anglicky
The RNA kink-turn is an important recurrent RNA motif; an internal loop with characteristic consensus sequence forming highly conserved three-dimensional structure. Functional arrangement of RNA kink-turns shows a sharp bend in the phosphodiester backbone. Among other signature interactions, kink-turns form A-minor interaction between their two stems. Most kink-turns possess extended A-minor I (A-I) interaction where adenine of the second A center dot G base pair of the NC-stem interacts with the firstcanonical pair of the C-stem (i.e., the receptor pair) via trans-sugar-edge/sugar-edge (tSS) and cis-sugar-edge/sugar-edge (cSS) interactions. The remaining kink-turns have less compact A-minor 0 (A-0) interaction with just one tSS contact. We show thatkink-turns with A-I in ribosomal X-ray structures keep G=C receptor base pair during evolution while the inverted pair (C=G) is not realized. In contrast, kink-turns with A-0 in the observed structures alternate G=C and C=G base pairs in
Klasifikace
Druh
J<sub>x</sub> - Nezařazeno - Článek v odborném periodiku (Jimp, Jsc a Jost)
CEP obor
CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie
OECD FORD obor
—
Návaznosti výsledku
Projekt
Výsledek vznikl pri realizaci vícero projektů. Více informací v záložce Projekty.
Návaznosti
P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)
Ostatní
Rok uplatnění
2011
Kód důvěrnosti údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Údaje specifické pro druh výsledku
Název periodika
JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B
ISSN
1520-6106
e-ISSN
—
Svazek periodika
115
Číslo periodika v rámci svazku
47
Stát vydavatele periodika
US - Spojené státy americké
Počet stran výsledku
14
Strana od-do
13897-13910
Kód UT WoS článku
000297195400013
EID výsledku v databázi Scopus
—