Bioinformatics and Molecular Dynamics Simulation Study of L1 Stalk Non-Canonical rRNA Elements: Kink-turns, Loops, and Tetraloops

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216224%3A14740%2F13%3A00067973" target="_blank" >RIV/00216224:14740/13:00067973 - isvavai.cz</a>

Nalezeny alternativní kódy

RIV/68081707:_____/13:00394830

Výsledek na webu

<a href="http://dx.doi.org/10.1021/jp401482m" target="_blank" >http://dx.doi.org/10.1021/jp401482m</a>

DOI - Digital Object Identifier

<a href="http://dx.doi.org/10.1021/jp401482m" target="_blank" >10.1021/jp401482m</a>

Jazyk výsledku

angličtina

Název v původním jazyce

Bioinformatics and Molecular Dynamics Simulation Study of L1 Stalk Non-Canonical rRNA Elements: Kink-turns, Loops, and Tetraloops

Popis výsledku v původním jazyce

L1 stalk is a prominent mobile element of the large ribosomal subunit. We explore the structure and dynamics of its non-canonical rRNA elements, which include two kink-turns, an internal loop and a tetraloop. We use bioinformatics to identify the L1 stalk RNA conservation patterns and carry out over 11.5 us of MD simulations for a set of systems ranging from isolated RNA building blocks up to complexes of L1 stalk rRNA with the L1 protein and tRNA fragment. We show that the L1 stalk tetraloop has unusual GNNA or UNNG conservation pattern deviating from major GNRA and YNMG RNA tetraloop families. We suggest that this deviation is related to a highly conserved tertiary contact within the L1 stalk. The available X-ray structures contain only UCCG tetraloops which in addition differ in orientation (anti vs syn) of the guanine.

Název v anglickém jazyce

Bioinformatics and Molecular Dynamics Simulation Study of L1 Stalk Non-Canonical rRNA Elements: Kink-turns, Loops, and Tetraloops

Popis výsledku anglicky

L1 stalk is a prominent mobile element of the large ribosomal subunit. We explore the structure and dynamics of its non-canonical rRNA elements, which include two kink-turns, an internal loop and a tetraloop. We use bioinformatics to identify the L1 stalk RNA conservation patterns and carry out over 11.5 us of MD simulations for a set of systems ranging from isolated RNA building blocks up to complexes of L1 stalk rRNA with the L1 protein and tRNA fragment. We show that the L1 stalk tetraloop has unusual GNNA or UNNG conservation pattern deviating from major GNRA and YNMG RNA tetraloop families. We suggest that this deviation is related to a highly conserved tertiary contact within the L1 stalk. The available X-ray structures contain only UCCG tetraloops which in addition differ in orientation (anti vs syn) of the guanine.

Druh

J_x - Nezařazeno - Článek v odborném periodiku (Jimp, Jsc a Jost)

CEP obor

CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie

OECD FORD obor

—

Projekt

Výsledek vznikl pri realizaci vícero projektů. Více informací v záložce Projekty.

Návaznosti

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)

Rok uplatnění

2013

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Název periodika

JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B

ISSN

1520-6106

e-ISSN

—

Svazek periodika

117

Číslo periodika v rámci svazku

18

Stát vydavatele periodika

US - Spojené státy americké

Počet stran výsledku

16

Strana od-do

5540-5555

Kód UT WoS článku

000318891700015

EID výsledku v databázi Scopus

—