Vše

Co hledáte?

Vše
Projekty
Výsledky výzkumu
Subjekty

Rychlé hledání

  • Projekty podpořené TA ČR
  • Významné projekty
  • Projekty s nejvyšší státní podporou
  • Aktuálně běžící projekty

Chytré vyhledávání

  • Takto najdu konkrétní +slovo
  • Takto z výsledků -slovo zcela vynechám
  • “Takto můžu najít celou frázi”

Crystal structures of B-DNA dodecamer containing the epigenetic modifications 5-hydroxymethylcytosine or 5-methylcytosine

Identifikátory výsledku

  • Kód výsledku v IS VaVaI

    <a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216224%3A14740%2F13%3A00070285" target="_blank" >RIV/00216224:14740/13:00070285 - isvavai.cz</a>

  • Nalezeny alternativní kódy

    RIV/68081707:_____/13:00422256

  • Výsledek na webu

    <a href="http://nar.oxfordjournals.org/content/early/2013/08/20/nar.gkt738.full.pdf+html" target="_blank" >http://nar.oxfordjournals.org/content/early/2013/08/20/nar.gkt738.full.pdf+html</a>

  • DOI - Digital Object Identifier

    <a href="http://dx.doi.org/10.1093/nar/gkt738" target="_blank" >10.1093/nar/gkt738</a>

Alternativní jazyky

  • Jazyk výsledku

    angličtina

  • Název v původním jazyce

    Crystal structures of B-DNA dodecamer containing the epigenetic modifications 5-hydroxymethylcytosine or 5-methylcytosine

  • Popis výsledku v původním jazyce

    5-Hydroxymethylcytosine (5-hmC) was recently identified as a relatively frequent base in eukaryotic genomes. Its physiological function is still unclear, but it is supposed to serve as an intermediate in DNA de novo demethylation. Using X-ray diffraction, we solved five structures of four variants of the d(CGCG AATTCGCG) dodecamer, containing either 5-hmC or 5-methylcytosine (5-mC) at position 3 or at position 9. The observed resolutions were between 1.42 and 1.99A. Cytosine modification in all cases influences neither the whole B-DNA double helix structure nor the modified base pair geometry. The additional hydroxyl group of 5-hmC with rotational freedom along the C5-C5A bond is preferentially oriented in the 30 direction. A comparison of thermodynamic properties of the dodecamers shows no effect of 5- mC modification and a sequence-dependent only slight destabilizing effect of 5-hmC modification. Also taking into account the results of a previous functional study /Munzel et al.

  • Název v anglickém jazyce

    Crystal structures of B-DNA dodecamer containing the epigenetic modifications 5-hydroxymethylcytosine or 5-methylcytosine

  • Popis výsledku anglicky

    5-Hydroxymethylcytosine (5-hmC) was recently identified as a relatively frequent base in eukaryotic genomes. Its physiological function is still unclear, but it is supposed to serve as an intermediate in DNA de novo demethylation. Using X-ray diffraction, we solved five structures of four variants of the d(CGCG AATTCGCG) dodecamer, containing either 5-hmC or 5-methylcytosine (5-mC) at position 3 or at position 9. The observed resolutions were between 1.42 and 1.99A. Cytosine modification in all cases influences neither the whole B-DNA double helix structure nor the modified base pair geometry. The additional hydroxyl group of 5-hmC with rotational freedom along the C5-C5A bond is preferentially oriented in the 30 direction. A comparison of thermodynamic properties of the dodecamers shows no effect of 5- mC modification and a sequence-dependent only slight destabilizing effect of 5-hmC modification. Also taking into account the results of a previous functional study /Munzel et al.

Klasifikace

  • Druh

    J<sub>x</sub> - Nezařazeno - Článek v odborném periodiku (Jimp, Jsc a Jost)

  • CEP obor

    CE - Biochemie

  • OECD FORD obor

Návaznosti výsledku

  • Projekt

    Výsledek vznikl pri realizaci vícero projektů. Více informací v záložce Projekty.

  • Návaznosti

    P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)

Ostatní

  • Rok uplatnění

    2013

  • Kód důvěrnosti údajů

    S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Údaje specifické pro druh výsledku

  • Název periodika

    Nucleic Acids Research

  • ISSN

    0305-1048

  • e-ISSN

  • Svazek periodika

    41

  • Číslo periodika v rámci svazku

    21

  • Stát vydavatele periodika

    GB - Spojené království Velké Británie a Severního Irska

  • Počet stran výsledku

    10

  • Strana od-do

    9891-9900

  • Kód UT WoS článku

    000327541800031

  • EID výsledku v databázi Scopus