Crystal structures of B-DNA dodecamer containing the epigenetic modifications 5-hydroxymethylcytosine or 5-methylcytosine
Identifikátory výsledku
Kód výsledku v IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216224%3A14740%2F13%3A00070285" target="_blank" >RIV/00216224:14740/13:00070285 - isvavai.cz</a>
Nalezeny alternativní kódy
RIV/68081707:_____/13:00422256
Výsledek na webu
<a href="http://nar.oxfordjournals.org/content/early/2013/08/20/nar.gkt738.full.pdf+html" target="_blank" >http://nar.oxfordjournals.org/content/early/2013/08/20/nar.gkt738.full.pdf+html</a>
DOI - Digital Object Identifier
<a href="http://dx.doi.org/10.1093/nar/gkt738" target="_blank" >10.1093/nar/gkt738</a>
Alternativní jazyky
Jazyk výsledku
angličtina
Název v původním jazyce
Crystal structures of B-DNA dodecamer containing the epigenetic modifications 5-hydroxymethylcytosine or 5-methylcytosine
Popis výsledku v původním jazyce
5-Hydroxymethylcytosine (5-hmC) was recently identified as a relatively frequent base in eukaryotic genomes. Its physiological function is still unclear, but it is supposed to serve as an intermediate in DNA de novo demethylation. Using X-ray diffraction, we solved five structures of four variants of the d(CGCG AATTCGCG) dodecamer, containing either 5-hmC or 5-methylcytosine (5-mC) at position 3 or at position 9. The observed resolutions were between 1.42 and 1.99A. Cytosine modification in all cases influences neither the whole B-DNA double helix structure nor the modified base pair geometry. The additional hydroxyl group of 5-hmC with rotational freedom along the C5-C5A bond is preferentially oriented in the 30 direction. A comparison of thermodynamic properties of the dodecamers shows no effect of 5- mC modification and a sequence-dependent only slight destabilizing effect of 5-hmC modification. Also taking into account the results of a previous functional study /Munzel et al.
Název v anglickém jazyce
Crystal structures of B-DNA dodecamer containing the epigenetic modifications 5-hydroxymethylcytosine or 5-methylcytosine
Popis výsledku anglicky
5-Hydroxymethylcytosine (5-hmC) was recently identified as a relatively frequent base in eukaryotic genomes. Its physiological function is still unclear, but it is supposed to serve as an intermediate in DNA de novo demethylation. Using X-ray diffraction, we solved five structures of four variants of the d(CGCG AATTCGCG) dodecamer, containing either 5-hmC or 5-methylcytosine (5-mC) at position 3 or at position 9. The observed resolutions were between 1.42 and 1.99A. Cytosine modification in all cases influences neither the whole B-DNA double helix structure nor the modified base pair geometry. The additional hydroxyl group of 5-hmC with rotational freedom along the C5-C5A bond is preferentially oriented in the 30 direction. A comparison of thermodynamic properties of the dodecamers shows no effect of 5- mC modification and a sequence-dependent only slight destabilizing effect of 5-hmC modification. Also taking into account the results of a previous functional study /Munzel et al.
Klasifikace
Druh
J<sub>x</sub> - Nezařazeno - Článek v odborném periodiku (Jimp, Jsc a Jost)
CEP obor
CE - Biochemie
OECD FORD obor
—
Návaznosti výsledku
Projekt
Výsledek vznikl pri realizaci vícero projektů. Více informací v záložce Projekty.
Návaznosti
P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)
Ostatní
Rok uplatnění
2013
Kód důvěrnosti údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Údaje specifické pro druh výsledku
Název periodika
Nucleic Acids Research
ISSN
0305-1048
e-ISSN
—
Svazek periodika
41
Číslo periodika v rámci svazku
21
Stát vydavatele periodika
GB - Spojené království Velké Británie a Severního Irska
Počet stran výsledku
10
Strana od-do
9891-9900
Kód UT WoS článku
000327541800031
EID výsledku v databázi Scopus
—