Complex patterns of chromosome 11 aberrations in myeloid malignancies target CBL, MLL, DDB1 and LMO2
Identifikátory výsledku
Kód výsledku v IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216224%3A14740%2F13%3A00070753" target="_blank" >RIV/00216224:14740/13:00070753 - isvavai.cz</a>
Nalezeny alternativní kódy
RIV/65269705:_____/13:#0002208
Výsledek na webu
<a href="http://www.plosone.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pone.0077819" target="_blank" >http://www.plosone.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pone.0077819</a>
DOI - Digital Object Identifier
<a href="http://dx.doi.org/10.1371/journal.pone.0077819" target="_blank" >10.1371/journal.pone.0077819</a>
Alternativní jazyky
Jazyk výsledku
angličtina
Název v původním jazyce
Complex patterns of chromosome 11 aberrations in myeloid malignancies target CBL, MLL, DDB1 and LMO2
Popis výsledku v původním jazyce
Exome sequencing of primary tumors identifies complex somatic mutation patterns. Assignment of relevance of individual somatic mutations is difficult and poses the next challenge for interpretation of next generation sequencing data. Here we present an approach how exome sequencing in combination with SNP microarray data may identify targets of chromosomal aberrations in myeloid malignancies. The rationale of this approach is that hotspots of chromosomal aberrations might also harbor point mutations inthe target genes of deletions, gains or uniparental disomies (UPDs). Chromosome 11 is a frequent target of lesions in myeloid malignancies. Therefore, we studied chromosome 11 in a total of 813 samples from 773 individual patients with different myeloidmalignancies by SNP microarrays and complemented the data with exome sequencing in selected cases exhibiting chromosome 11 defects. We found gains, losses and UPDs of chromosome 11 in 52 of the 813 samples (6.4%).
Název v anglickém jazyce
Complex patterns of chromosome 11 aberrations in myeloid malignancies target CBL, MLL, DDB1 and LMO2
Popis výsledku anglicky
Exome sequencing of primary tumors identifies complex somatic mutation patterns. Assignment of relevance of individual somatic mutations is difficult and poses the next challenge for interpretation of next generation sequencing data. Here we present an approach how exome sequencing in combination with SNP microarray data may identify targets of chromosomal aberrations in myeloid malignancies. The rationale of this approach is that hotspots of chromosomal aberrations might also harbor point mutations inthe target genes of deletions, gains or uniparental disomies (UPDs). Chromosome 11 is a frequent target of lesions in myeloid malignancies. Therefore, we studied chromosome 11 in a total of 813 samples from 773 individual patients with different myeloidmalignancies by SNP microarrays and complemented the data with exome sequencing in selected cases exhibiting chromosome 11 defects. We found gains, losses and UPDs of chromosome 11 in 52 of the 813 samples (6.4%).
Klasifikace
Druh
J<sub>x</sub> - Nezařazeno - Článek v odborném periodiku (Jimp, Jsc a Jost)
CEP obor
FD - Onkologie a hematologie
OECD FORD obor
—
Návaznosti výsledku
Projekt
<a href="/cs/project/ED1.1.00%2F02.0068" target="_blank" >ED1.1.00/02.0068: CEITEC - central european institute of technology</a><br>
Návaznosti
P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)<br>Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)
Ostatní
Rok uplatnění
2013
Kód důvěrnosti údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Údaje specifické pro druh výsledku
Název periodika
PLOS ONE
ISSN
1932-6203
e-ISSN
—
Svazek periodika
8
Číslo periodika v rámci svazku
10
Stát vydavatele periodika
US - Spojené státy americké
Počet stran výsledku
10
Strana od-do
—
Kód UT WoS článku
000326019400137
EID výsledku v databázi Scopus
—