Protein engineering study of beta-mannosidase to set up a potential chemically efficient biocatalyst
Identifikátory výsledku
Kód výsledku v IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216224%3A14740%2F14%3A00073772" target="_blank" >RIV/00216224:14740/14:00073772 - isvavai.cz</a>
Nalezeny alternativní kódy
RIV/61388971:_____/14:00435519
Výsledek na webu
<a href="http://glycob.oxfordjournals.org/content/24/12/1301.long" target="_blank" >http://glycob.oxfordjournals.org/content/24/12/1301.long</a>
DOI - Digital Object Identifier
<a href="http://dx.doi.org/10.1093/glycob/cwu074" target="_blank" >10.1093/glycob/cwu074</a>
Alternativní jazyky
Jazyk výsledku
angličtina
Název v původním jazyce
Protein engineering study of beta-mannosidase to set up a potential chemically efficient biocatalyst
Popis výsledku v původním jazyce
This study is focused on the analysis and mutagenesis of beta-mannosidase from Bacteroides thetaiotaomicron with the aim of broadening its substrate specificity to 2-acetamido-2-deoxy-beta-d-mannopyranosyl (beta-ManNAc) derivatives. Various conformations(4C1, 4H5, and 1S5) of native and modified ligands were docked to the binding site of the protein to determine the most suitable conformation of sugars for further hydrolysis. Key amino acid residues were mutated in silico focusing on stabilizing the acetamido group of beta-ManNAc as well as forming the oxazoline intermediate needed for hydrolysis. The results of large set of 5 ns molecular dynamic simulations showed that the majority of the active site residues are involved in substrate interaction and do not exhibit a higher flexibility except for Asn178. Mutations of Asn178 to alanine and Asp199 to serine could lead to a stabilisation of the acetamido group in the binding site.
Název v anglickém jazyce
Protein engineering study of beta-mannosidase to set up a potential chemically efficient biocatalyst
Popis výsledku anglicky
This study is focused on the analysis and mutagenesis of beta-mannosidase from Bacteroides thetaiotaomicron with the aim of broadening its substrate specificity to 2-acetamido-2-deoxy-beta-d-mannopyranosyl (beta-ManNAc) derivatives. Various conformations(4C1, 4H5, and 1S5) of native and modified ligands were docked to the binding site of the protein to determine the most suitable conformation of sugars for further hydrolysis. Key amino acid residues were mutated in silico focusing on stabilizing the acetamido group of beta-ManNAc as well as forming the oxazoline intermediate needed for hydrolysis. The results of large set of 5 ns molecular dynamic simulations showed that the majority of the active site residues are involved in substrate interaction and do not exhibit a higher flexibility except for Asn178. Mutations of Asn178 to alanine and Asp199 to serine could lead to a stabilisation of the acetamido group in the binding site.
Klasifikace
Druh
J<sub>x</sub> - Nezařazeno - Článek v odborném periodiku (Jimp, Jsc a Jost)
CEP obor
CE - Biochemie
OECD FORD obor
—
Návaznosti výsledku
Projekt
Výsledek vznikl pri realizaci vícero projektů. Více informací v záložce Projekty.
Návaznosti
P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)<br>S - Specificky vyzkum na vysokych skolach
Ostatní
Rok uplatnění
2014
Kód důvěrnosti údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Údaje specifické pro druh výsledku
Název periodika
Glycobiology
ISSN
0959-6658
e-ISSN
—
Svazek periodika
24
Číslo periodika v rámci svazku
12
Stát vydavatele periodika
GB - Spojené království Velké Británie a Severního Irska
Počet stran výsledku
11
Strana od-do
1301-1311
Kód UT WoS článku
000347410300011
EID výsledku v databázi Scopus
—