Vše

Co hledáte?

Vše
Projekty
Výsledky výzkumu
Subjekty

Rychlé hledání

  • Projekty podpořené TA ČR
  • Významné projekty
  • Projekty s nejvyšší státní podporou
  • Aktuálně běžící projekty

Chytré vyhledávání

  • Takto najdu konkrétní +slovo
  • Takto z výsledků -slovo zcela vynechám
  • “Takto můžu najít celou frázi”

Protein engineering study of beta-mannosidase to set up a potential chemically efficient biocatalyst

Identifikátory výsledku

  • Kód výsledku v IS VaVaI

    <a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216224%3A14740%2F14%3A00073772" target="_blank" >RIV/00216224:14740/14:00073772 - isvavai.cz</a>

  • Nalezeny alternativní kódy

    RIV/61388971:_____/14:00435519

  • Výsledek na webu

    <a href="http://glycob.oxfordjournals.org/content/24/12/1301.long" target="_blank" >http://glycob.oxfordjournals.org/content/24/12/1301.long</a>

  • DOI - Digital Object Identifier

    <a href="http://dx.doi.org/10.1093/glycob/cwu074" target="_blank" >10.1093/glycob/cwu074</a>

Alternativní jazyky

  • Jazyk výsledku

    angličtina

  • Název v původním jazyce

    Protein engineering study of beta-mannosidase to set up a potential chemically efficient biocatalyst

  • Popis výsledku v původním jazyce

    This study is focused on the analysis and mutagenesis of beta-mannosidase from Bacteroides thetaiotaomicron with the aim of broadening its substrate specificity to 2-acetamido-2-deoxy-beta-d-mannopyranosyl (beta-ManNAc) derivatives. Various conformations(4C1, 4H5, and 1S5) of native and modified ligands were docked to the binding site of the protein to determine the most suitable conformation of sugars for further hydrolysis. Key amino acid residues were mutated in silico focusing on stabilizing the acetamido group of beta-ManNAc as well as forming the oxazoline intermediate needed for hydrolysis. The results of large set of 5 ns molecular dynamic simulations showed that the majority of the active site residues are involved in substrate interaction and do not exhibit a higher flexibility except for Asn178. Mutations of Asn178 to alanine and Asp199 to serine could lead to a stabilisation of the acetamido group in the binding site.

  • Název v anglickém jazyce

    Protein engineering study of beta-mannosidase to set up a potential chemically efficient biocatalyst

  • Popis výsledku anglicky

    This study is focused on the analysis and mutagenesis of beta-mannosidase from Bacteroides thetaiotaomicron with the aim of broadening its substrate specificity to 2-acetamido-2-deoxy-beta-d-mannopyranosyl (beta-ManNAc) derivatives. Various conformations(4C1, 4H5, and 1S5) of native and modified ligands were docked to the binding site of the protein to determine the most suitable conformation of sugars for further hydrolysis. Key amino acid residues were mutated in silico focusing on stabilizing the acetamido group of beta-ManNAc as well as forming the oxazoline intermediate needed for hydrolysis. The results of large set of 5 ns molecular dynamic simulations showed that the majority of the active site residues are involved in substrate interaction and do not exhibit a higher flexibility except for Asn178. Mutations of Asn178 to alanine and Asp199 to serine could lead to a stabilisation of the acetamido group in the binding site.

Klasifikace

  • Druh

    J<sub>x</sub> - Nezařazeno - Článek v odborném periodiku (Jimp, Jsc a Jost)

  • CEP obor

    CE - Biochemie

  • OECD FORD obor

Návaznosti výsledku

  • Projekt

    Výsledek vznikl pri realizaci vícero projektů. Více informací v záložce Projekty.

  • Návaznosti

    P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)<br>S - Specificky vyzkum na vysokych skolach

Ostatní

  • Rok uplatnění

    2014

  • Kód důvěrnosti údajů

    S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Údaje specifické pro druh výsledku

  • Název periodika

    Glycobiology

  • ISSN

    0959-6658

  • e-ISSN

  • Svazek periodika

    24

  • Číslo periodika v rámci svazku

    12

  • Stát vydavatele periodika

    GB - Spojené království Velké Británie a Severního Irska

  • Počet stran výsledku

    11

  • Strana od-do

    1301-1311

  • Kód UT WoS článku

    000347410300011

  • EID výsledku v databázi Scopus