Engineering the Pseudomonas aeruginosa II lectin: designing mutants with changed affinity and specificity
Identifikátory výsledku
Kód výsledku v IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216224%3A14740%2F14%3A00073859" target="_blank" >RIV/00216224:14740/14:00073859 - isvavai.cz</a>
Výsledek na webu
<a href="http://link.springer.com/article/10.1007%2Fs10822-014-9774-7" target="_blank" >http://link.springer.com/article/10.1007%2Fs10822-014-9774-7</a>
DOI - Digital Object Identifier
<a href="http://dx.doi.org/10.1007/s10822-014-9774-7" target="_blank" >10.1007/s10822-014-9774-7</a>
Alternativní jazyky
Jazyk výsledku
angličtina
Název v původním jazyce
Engineering the Pseudomonas aeruginosa II lectin: designing mutants with changed affinity and specificity
Popis výsledku v původním jazyce
This article focuses on designing mutations of the PA-IIL lectin from Pseudomonas aeruginosa that lead to change in specificity. Following the previous results revealing the importance of the amino acid triad 22?23?24 (so-called specificity-binding loop), saturation in silico mutagenesis was performed, with the intent of finding mutations that increase the lectin?s affinity and modify its specificity. For that purpose, a combination of docking, molecular dynamics and binding free energy calculation wasused. The combination of methods revealed mutations that changed the performance of the wild-type lectin and its mutants to their preferred partners. The mutation at position 22 resulted in 85 % in inactivation of the binding site, and the mutation at 23did not have strong effects thanks to the side chain being pointed away from the binding site.
Název v anglickém jazyce
Engineering the Pseudomonas aeruginosa II lectin: designing mutants with changed affinity and specificity
Popis výsledku anglicky
This article focuses on designing mutations of the PA-IIL lectin from Pseudomonas aeruginosa that lead to change in specificity. Following the previous results revealing the importance of the amino acid triad 22?23?24 (so-called specificity-binding loop), saturation in silico mutagenesis was performed, with the intent of finding mutations that increase the lectin?s affinity and modify its specificity. For that purpose, a combination of docking, molecular dynamics and binding free energy calculation wasused. The combination of methods revealed mutations that changed the performance of the wild-type lectin and its mutants to their preferred partners. The mutation at position 22 resulted in 85 % in inactivation of the binding site, and the mutation at 23did not have strong effects thanks to the side chain being pointed away from the binding site.
Klasifikace
Druh
J<sub>x</sub> - Nezařazeno - Článek v odborném periodiku (Jimp, Jsc a Jost)
CEP obor
CE - Biochemie
OECD FORD obor
—
Návaznosti výsledku
Projekt
Výsledek vznikl pri realizaci vícero projektů. Více informací v záložce Projekty.
Návaznosti
P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)<br>S - Specificky vyzkum na vysokych skolach
Ostatní
Rok uplatnění
2014
Kód důvěrnosti údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Údaje specifické pro druh výsledku
Název periodika
Journal of Computer-Aided Molecular Design
ISSN
0920-654X
e-ISSN
—
Svazek periodika
28
Číslo periodika v rámci svazku
9
Stát vydavatele periodika
CH - Švýcarská konfederace
Počet stran výsledku
10
Strana od-do
951-960
Kód UT WoS článku
000342439000006
EID výsledku v databázi Scopus
—