Molecular Dynamics Simulation Study of Parallel Telomeric DNA Quadruplexes at Different Ionic Strengths: Evaluation of Water and Ion Models
Identifikátory výsledku
Kód výsledku v IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216224%3A14740%2F16%3A00091109" target="_blank" >RIV/00216224:14740/16:00091109 - isvavai.cz</a>
Nalezeny alternativní kódy
RIV/68081707:_____/16:00471963
Výsledek na webu
<a href="http://pubs.acs.org/doi/pdf/10.1021/acs.jpcb.6b06485" target="_blank" >http://pubs.acs.org/doi/pdf/10.1021/acs.jpcb.6b06485</a>
DOI - Digital Object Identifier
<a href="http://dx.doi.org/10.1021/acs.jpcb.6b06485" target="_blank" >10.1021/acs.jpcb.6b06485</a>
Alternativní jazyky
Jazyk výsledku
angličtina
Název v původním jazyce
Molecular Dynamics Simulation Study of Parallel Telomeric DNA Quadruplexes at Different Ionic Strengths: Evaluation of Water and Ion Models
Popis výsledku v původním jazyce
Most molecular dynamics (MD) simulations of DNA quadruplexes have been performed under minimal salt conditions using the Aqvist potential parameters for the cation with the TIP3P water model. Recently, this combination of parameters has been reported to be problematic for the stability of quadruplex DNA, especially caused by the ion interactions inside or near the quadruplex channel. Here, we verify how the choice of ion parameters and water model can affect the quadruplex structural stability and the interactions with the ions outside the channel. We have performed a series of MD simulations of the human full-parallel telomeric quadruplex by neutralizing its negative charge with K+ ions. Three combinations of different cation potential parameters and water models have been used: (a) Aqvist ion parameters, TIP3P water model; (b) Joung and Cheatham ion parameters, TIP3P water model; and (c) Joung and Cheatham ion parameters, TTP4P(ew) water model.
Název v anglickém jazyce
Molecular Dynamics Simulation Study of Parallel Telomeric DNA Quadruplexes at Different Ionic Strengths: Evaluation of Water and Ion Models
Popis výsledku anglicky
Most molecular dynamics (MD) simulations of DNA quadruplexes have been performed under minimal salt conditions using the Aqvist potential parameters for the cation with the TIP3P water model. Recently, this combination of parameters has been reported to be problematic for the stability of quadruplex DNA, especially caused by the ion interactions inside or near the quadruplex channel. Here, we verify how the choice of ion parameters and water model can affect the quadruplex structural stability and the interactions with the ions outside the channel. We have performed a series of MD simulations of the human full-parallel telomeric quadruplex by neutralizing its negative charge with K+ ions. Three combinations of different cation potential parameters and water models have been used: (a) Aqvist ion parameters, TIP3P water model; (b) Joung and Cheatham ion parameters, TIP3P water model; and (c) Joung and Cheatham ion parameters, TTP4P(ew) water model.
Klasifikace
Druh
J<sub>x</sub> - Nezařazeno - Článek v odborném periodiku (Jimp, Jsc a Jost)
CEP obor
CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie
OECD FORD obor
—
Návaznosti výsledku
Projekt
Výsledek vznikl pri realizaci vícero projektů. Více informací v záložce Projekty.
Návaznosti
P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)
Ostatní
Rok uplatnění
2016
Kód důvěrnosti údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Údaje specifické pro druh výsledku
Název periodika
Journal of Physical Chemistry B
ISSN
1520-6106
e-ISSN
—
Svazek periodika
120
Číslo periodika v rámci svazku
30
Stát vydavatele periodika
US - Spojené státy americké
Počet stran výsledku
12
Strana od-do
7380-7391
Kód UT WoS článku
000381235800009
EID výsledku v databázi Scopus
—