A role for palindromic structures in the cis-region of maize Sirevirus LTRs in transposable element evolution and host epigenetic response
Identifikátory výsledku
Kód výsledku v IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216224%3A14740%2F16%3A00093652" target="_blank" >RIV/00216224:14740/16:00093652 - isvavai.cz</a>
Výsledek na webu
<a href="http://genome.cshlp.org/content/26/2/226" target="_blank" >http://genome.cshlp.org/content/26/2/226</a>
DOI - Digital Object Identifier
<a href="http://dx.doi.org/10.1101/gr.193763.115" target="_blank" >10.1101/gr.193763.115</a>
Alternativní jazyky
Jazyk výsledku
angličtina
Název v původním jazyce
A role for palindromic structures in the cis-region of maize Sirevirus LTRs in transposable element evolution and host epigenetic response
Popis výsledku v původním jazyce
Transposable elements (TEs) proliferate within the genome of their host, which responds by silencing them epigenetically. Much is known about the mechanisms of silencing in plants, particularly the role of siRNAs in guiding DNA methylation. In contrast, little is known about siRNA targeting patterns along the length of TEs, yet this information may provide crucial insights into the dynamics between hosts and TEs. By focusing on 6456 carefully annotated, full-length Sirevirus LTR retro-transposons in maize, we show that their silencing associates with underlying characteristics of the TE sequence and also uncover three features of the host-TE interaction. First, siRNA mapping varies among families and among elements, but particularly along the length of elements. Within the cis-regulatory portion of the LTRs, a complex palindrome-rich region acts as a hotspot of both siRNA matching and sequence evolution.
Název v anglickém jazyce
A role for palindromic structures in the cis-region of maize Sirevirus LTRs in transposable element evolution and host epigenetic response
Popis výsledku anglicky
Transposable elements (TEs) proliferate within the genome of their host, which responds by silencing them epigenetically. Much is known about the mechanisms of silencing in plants, particularly the role of siRNAs in guiding DNA methylation. In contrast, little is known about siRNA targeting patterns along the length of TEs, yet this information may provide crucial insights into the dynamics between hosts and TEs. By focusing on 6456 carefully annotated, full-length Sirevirus LTR retro-transposons in maize, we show that their silencing associates with underlying characteristics of the TE sequence and also uncover three features of the host-TE interaction. First, siRNA mapping varies among families and among elements, but particularly along the length of elements. Within the cis-regulatory portion of the LTRs, a complex palindrome-rich region acts as a hotspot of both siRNA matching and sequence evolution.
Klasifikace
Druh
J<sub>x</sub> - Nezařazeno - Článek v odborném periodiku (Jimp, Jsc a Jost)
CEP obor
CE - Biochemie
OECD FORD obor
—
Návaznosti výsledku
Projekt
Výsledek vznikl pri realizaci vícero projektů. Více informací v záložce Projekty.
Návaznosti
P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)
Ostatní
Rok uplatnění
2016
Kód důvěrnosti údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Údaje specifické pro druh výsledku
Název periodika
Genome research
ISSN
1088-9051
e-ISSN
—
Svazek periodika
26
Číslo periodika v rámci svazku
2
Stát vydavatele periodika
US - Spojené státy americké
Počet stran výsledku
12
Strana od-do
226-237
Kód UT WoS článku
000369341900008
EID výsledku v databázi Scopus
—