Vše

Co hledáte?

Vše
Projekty
Výsledky výzkumu
Subjekty

Rychlé hledání

  • Projekty podpořené TA ČR
  • Významné projekty
  • Projekty s nejvyšší státní podporou
  • Aktuálně běžící projekty

Chytré vyhledávání

  • Takto najdu konkrétní +slovo
  • Takto z výsledků -slovo zcela vynechám
  • “Takto můžu najít celou frázi”

The CH-pi Interaction in Protein-Carbohydrate Binding: Bioinformatics and In Vitro Quantification

Identifikátory výsledku

  • Kód výsledku v IS VaVaI

    <a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216224%3A14740%2F20%3A00114712" target="_blank" >RIV/00216224:14740/20:00114712 - isvavai.cz</a>

  • Výsledek na webu

    <a href="https://chemistry-europe.onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/chem.202000593" target="_blank" >https://chemistry-europe.onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/chem.202000593</a>

  • DOI - Digital Object Identifier

    <a href="http://dx.doi.org/10.1002/chem.202000593" target="_blank" >10.1002/chem.202000593</a>

Alternativní jazyky

  • Jazyk výsledku

    angličtina

  • Název v původním jazyce

    The CH-pi Interaction in Protein-Carbohydrate Binding: Bioinformatics and In Vitro Quantification

  • Popis výsledku v původním jazyce

    The molecular recognition of carbohydrates by proteins plays a key role in many biological processes including immune response, pathogen entry into a cell, and cell-cell adhesion (e.g., in cancer metastasis). Carbohydrates interact with proteins mainly through hydrogen bonding, metal-ion-mediated interaction, and non-polar dispersion interactions. The role of dispersion-driven CH-pi interactions (stacking) in protein-carbohydrate recognition has been underestimated for a long time considering the polar interactions to be the main forces for saccharide interactions. However, over the last few years it turns out that non-polar interactions are equally important. In this study, we analyzed the CH-pi interactions employing bioinformatics (data mining, structural analysis), several experimental (isothermal titration calorimetry (ITC), X-ray crystallography), and computational techniques. The Protein Data Bank (PDB) has been used as a source of structural data. The PDB contains over 12 000 protein complexes with carbohydrates. Stacking interactions are very frequently present in such complexes (about 39 % of identified structures). The calculations and the ITC measurement results suggest that the CH-pi stacking contribution to the overall binding energy ranges from 4 up to 8 kcal mol(-1). All the results show that the stacking CH-pi interactions in protein-carbohydrate complexes can be considered to be a driving force of the binding in such complexes.

  • Název v anglickém jazyce

    The CH-pi Interaction in Protein-Carbohydrate Binding: Bioinformatics and In Vitro Quantification

  • Popis výsledku anglicky

    The molecular recognition of carbohydrates by proteins plays a key role in many biological processes including immune response, pathogen entry into a cell, and cell-cell adhesion (e.g., in cancer metastasis). Carbohydrates interact with proteins mainly through hydrogen bonding, metal-ion-mediated interaction, and non-polar dispersion interactions. The role of dispersion-driven CH-pi interactions (stacking) in protein-carbohydrate recognition has been underestimated for a long time considering the polar interactions to be the main forces for saccharide interactions. However, over the last few years it turns out that non-polar interactions are equally important. In this study, we analyzed the CH-pi interactions employing bioinformatics (data mining, structural analysis), several experimental (isothermal titration calorimetry (ITC), X-ray crystallography), and computational techniques. The Protein Data Bank (PDB) has been used as a source of structural data. The PDB contains over 12 000 protein complexes with carbohydrates. Stacking interactions are very frequently present in such complexes (about 39 % of identified structures). The calculations and the ITC measurement results suggest that the CH-pi stacking contribution to the overall binding energy ranges from 4 up to 8 kcal mol(-1). All the results show that the stacking CH-pi interactions in protein-carbohydrate complexes can be considered to be a driving force of the binding in such complexes.

Klasifikace

  • Druh

    J<sub>imp</sub> - Článek v periodiku v databázi Web of Science

  • CEP obor

  • OECD FORD obor

    10600 - Biological sciences

Návaznosti výsledku

  • Projekt

    Výsledek vznikl pri realizaci vícero projektů. Více informací v záložce Projekty.

  • Návaznosti

    P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)

Ostatní

  • Rok uplatnění

    2020

  • Kód důvěrnosti údajů

    S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Údaje specifické pro druh výsledku

  • Název periodika

    Chemistry - A European Journal

  • ISSN

    0947-6539

  • e-ISSN

  • Svazek periodika

    26

  • Číslo periodika v rámci svazku

    47

  • Stát vydavatele periodika

    CH - Švýcarská konfederace

  • Počet stran výsledku

    12

  • Strana od-do

    10769-10780

  • Kód UT WoS článku

    000552350100001

  • EID výsledku v databázi Scopus

    2-s2.0-85088650259