GROMACS MetaDump

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216224%3A14740%2F25%3A00142387" target="_blank" >RIV/00216224:14740/25:00142387 - isvavai.cz</a>

Výsledek na webu

<a href="https://github.com/sb-ncbr/gromacs-metadump/" target="_blank" >https://github.com/sb-ncbr/gromacs-metadump/</a>

DOI - Digital Object Identifier

—

Jazyk výsledku

angličtina

Název v původním jazyce

GROMACS MetaDump

Popis výsledku v původním jazyce

Gromacs MetaDump is a tool for automatically creating FAIR metadata for biomolecular simulation datasets generated by GROMACS. It enables information extraction from TPR files, as well as validation, editing, and export of metadata in JSON or YAML format. The tool is freely available without registration through a web interface (https://gmd.ceitec.cz/), an API, or a Python script running in a Docker container.

Název v anglickém jazyce

GROMACS MetaDump

Popis výsledku anglicky

Gromacs MetaDump is a tool for automatically creating FAIR metadata for biomolecular simulation datasets generated by GROMACS. It enables information extraction from TPR files, as well as validation, editing, and export of metadata in JSON or YAML format. The tool is freely available without registration through a web interface (https://gmd.ceitec.cz/), an API, or a Python script running in a Docker container.

Druh

R - Software

CEP obor

—

OECD FORD obor

10201 - Computer sciences, information science, bioinformathics (hardware development to be 2.2, social aspect to be 5.8)

Projekt

<a href="/cs/project/LM2023055" target="_blank" >LM2023055: Česká národní infrastruktura pro biologická data</a><br>

Návaznosti

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)

Rok uplatnění

2025

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Interní identifikační kód produktu

GROMACS MetaDump

Technické parametry

Software Gromacs MetaDump je open-source nástroj pro analýzu dat z molekulárních dynamických simulací (GROMACS). Implementován v Pythonu, ověřitelný na základě veřejně dostupného zdrojového kódu a dokumentace (https://gmd.ceitec.cz/). Není uzavřena žádná licenční smlouva; využití autorského práva dle zákona č. 121/2000 Sb. Odpovědná osoba: Tomáš Svoboda, svoboda@ics.muni.cz.

Ekonomické parametry

Výsledek nemá přímý ekonomický dopad; přináší nepřímé přínosy formou úspory času při analýze dat, efektivnějšího využití výpočetních zdrojů a podpory výzkumné spolupráce.

IČO vlastníka výsledku

00216224

Název vlastníka

Masarykova univerzita