Vše

Co hledáte?

Vše
Projekty
Výsledky výzkumu
Subjekty

Rychlé hledání

  • Projekty podpořené TA ČR
  • Významné projekty
  • Projekty s nejvyšší státní podporou
  • Aktuálně běžící projekty

Chytré vyhledávání

  • Takto najdu konkrétní +slovo
  • Takto z výsledků -slovo zcela vynechám
  • “Takto můžu najít celou frázi”

Fractionation of Enriched Phosphopeptides Using pH/Acetonitrile-Gradient-Reversed-Phase Microcolumn Separation in Combination with LC-MS/MS Analysis

Identifikátory výsledku

  • Kód výsledku v IS VaVaI

    <a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216275%3A25310%2F20%3A39916593" target="_blank" >RIV/00216275:25310/20:39916593 - isvavai.cz</a>

  • Nalezeny alternativní kódy

    RIV/60162694:G44__/20:00555944

  • Výsledek na webu

    <a href="https://www.mdpi.com/1422-0067/21/11/3971/htm" target="_blank" >https://www.mdpi.com/1422-0067/21/11/3971/htm</a>

  • DOI - Digital Object Identifier

    <a href="http://dx.doi.org/10.3390/ijms21113971" target="_blank" >10.3390/ijms21113971</a>

Alternativní jazyky

  • Jazyk výsledku

    angličtina

  • Název v původním jazyce

    Fractionation of Enriched Phosphopeptides Using pH/Acetonitrile-Gradient-Reversed-Phase Microcolumn Separation in Combination with LC-MS/MS Analysis

  • Popis výsledku v původním jazyce

    Mass spectrometry (MS) is a powerful and sensitive method often used for the identification of phosphoproteins. However, in phosphoproteomics, there is an identified need to compensate for the low abundance, insufficient ionization, and suppression effects of non-phosphorylated peptides. These may hamper the subsequent liquid chromatography-mass spectrometry/mass spectrometry (LC-MS/MS) analysis, resulting in incomplete phosphoproteome characterization, even when using high-resolution instruments. To overcome these drawbacks, we present here an effective microgradient chromatographic technique that yields specific fractions of enriched phosphopeptides compatible with LC-MS/MS analysis. The purpose of our study was to increase the number of identified phosphopeptides, and thus, the coverage of the sample phosphoproteome using the reproducible and straightforward fractionation method. This protocol includes a phosphopeptide enrichment step followed by the optimized microgradient fractionation of enriched phosphopeptides and final LC-MS/MS analysis of the obtained fractions. The simple fractionation system consists of a gas-tight microsyringe delivering the optimized gradient mobile phase to reversed-phase microcolumn. Our data indicate that combining the phosphopeptide enrichment with the microgradient separation is a promising technique for in-depth phosphoproteomic analysis due to moderate input material requirements and more than 3-fold enhanced protein identification.

  • Název v anglickém jazyce

    Fractionation of Enriched Phosphopeptides Using pH/Acetonitrile-Gradient-Reversed-Phase Microcolumn Separation in Combination with LC-MS/MS Analysis

  • Popis výsledku anglicky

    Mass spectrometry (MS) is a powerful and sensitive method often used for the identification of phosphoproteins. However, in phosphoproteomics, there is an identified need to compensate for the low abundance, insufficient ionization, and suppression effects of non-phosphorylated peptides. These may hamper the subsequent liquid chromatography-mass spectrometry/mass spectrometry (LC-MS/MS) analysis, resulting in incomplete phosphoproteome characterization, even when using high-resolution instruments. To overcome these drawbacks, we present here an effective microgradient chromatographic technique that yields specific fractions of enriched phosphopeptides compatible with LC-MS/MS analysis. The purpose of our study was to increase the number of identified phosphopeptides, and thus, the coverage of the sample phosphoproteome using the reproducible and straightforward fractionation method. This protocol includes a phosphopeptide enrichment step followed by the optimized microgradient fractionation of enriched phosphopeptides and final LC-MS/MS analysis of the obtained fractions. The simple fractionation system consists of a gas-tight microsyringe delivering the optimized gradient mobile phase to reversed-phase microcolumn. Our data indicate that combining the phosphopeptide enrichment with the microgradient separation is a promising technique for in-depth phosphoproteomic analysis due to moderate input material requirements and more than 3-fold enhanced protein identification.

Klasifikace

  • Druh

    J<sub>imp</sub> - Článek v periodiku v databázi Web of Science

  • CEP obor

  • OECD FORD obor

    10406 - Analytical chemistry

Návaznosti výsledku

  • Projekt

    <a href="/cs/project/NV19-02-00297" target="_blank" >NV19-02-00297: Proteomická analýza potenciálních markerů dilatační kardiomyopatie</a><br>

  • Návaznosti

    I - Institucionalni podpora na dlouhodoby koncepcni rozvoj vyzkumne organizace

Ostatní

  • Rok uplatnění

    2020

  • Kód důvěrnosti údajů

    S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Údaje specifické pro druh výsledku

  • Název periodika

    International Journal of Molecular Sciences

  • ISSN

    1661-6596

  • e-ISSN

  • Svazek periodika

    21

  • Číslo periodika v rámci svazku

    11

  • Stát vydavatele periodika

    CH - Švýcarská konfederace

  • Počet stran výsledku

    14

  • Strana od-do

    3971

  • Kód UT WoS článku

    000543400300233

  • EID výsledku v databázi Scopus

    2-s2.0-85085895215