Signal Based Feature Selection for Fast Classification of Sequences in Metagenomics

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216305%3A26220%2F16%3APU119022" target="_blank" >RIV/00216305:26220/16:PU119022 - isvavai.cz</a>

Výsledek na webu

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Jazyk výsledku

angličtina

Název v původním jazyce

Signal Based Feature Selection for Fast Classification of Sequences in Metagenomics

Popis výsledku v původním jazyce

The rapid development in DNA sequencing techniques brings completely new possibilities into metagenomics research. No longer is the whole metagenome sequencing an issue. On the other hand, this progress lies new demands on bioinformatics tools indented to process this kind of data. Unlike the amplicon based sequencing where every sequence represents a particular gene, the whole metagenome sequencing produce sequences that are random pieces of genomes in the metagenome. Therefore, the reference database for identification of these sequences cannot be used. Here, we present fast feature selection based on genomic signal processing for alignment-free classification of sequences in the metagenome.

Název v anglickém jazyce

Signal Based Feature Selection for Fast Classification of Sequences in Metagenomics

Popis výsledku anglicky

The rapid development in DNA sequencing techniques brings completely new possibilities into metagenomics research. No longer is the whole metagenome sequencing an issue. On the other hand, this progress lies new demands on bioinformatics tools indented to process this kind of data. Unlike the amplicon based sequencing where every sequence represents a particular gene, the whole metagenome sequencing produce sequences that are random pieces of genomes in the metagenome. Therefore, the reference database for identification of these sequences cannot be used. Here, we present fast feature selection based on genomic signal processing for alignment-free classification of sequences in the metagenome.

Druh

D - Stať ve sborníku

CEP obor

IN - Informatika

OECD FORD obor

—

Projekt

—

Návaznosti

S - Specificky vyzkum na vysokych skolach

Rok uplatnění

2016

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Název statě ve sborníku

Proceedings of the 22nd Conference STUDENT EEICT 2016

ISBN

978-80-214-5350-0

ISSN

—

e-ISSN

—

Počet stran výsledku

5

Strana od-do

558-562

Název nakladatele

Vysoké učení technické v Brně, Fakulta elektrotechniky a komunikačních

Místo vydání

Brno

Místo konání akce

Brno

Datum konání akce

28. 4. 2016

Typ akce podle státní příslušnosti

CST - Celostátní akce

Kód UT WoS článku

—