ANALYSIS OF MAIN OTU PICKING METHODS BY BIPARTITE GRAPHS
Identifikátory výsledku
Kód výsledku v IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216305%3A26220%2F17%3APU123502" target="_blank" >RIV/00216305:26220/17:PU123502 - isvavai.cz</a>
Výsledek na webu
—
DOI - Digital Object Identifier
—
Alternativní jazyky
Jazyk výsledku
čeština
Název v původním jazyce
ANALYSIS OF MAIN OTU PICKING METHODS BY BIPARTITE GRAPHS
Popis výsledku v původním jazyce
Studies of ecosystems containing millions of microbial organisms, so called microbiomes, using DNA sequencing became very popular. The main step involves fast clustering of sequences belonging to the same operational taxonomic units (OTU) that represent the same or taxo-nomically related organisms. This step, known as OTU picking, can be performed by several tech-niques and significantly affects the final interpretation of the data. In this paper, a novel R/Biconductor package for microbiome data presentation using bipartite graphs is introduced while its benefits are demonstrated during comparison of 3 OTU picking techniques.
Název v anglickém jazyce
ANALYSIS OF MAIN OTU PICKING METHODS BY BIPARTITE GRAPHS
Popis výsledku anglicky
Studies of ecosystems containing millions of microbial organisms, so called microbiomes, using DNA sequencing became very popular. The main step involves fast clustering of sequences belonging to the same operational taxonomic units (OTU) that represent the same or taxo-nomically related organisms. This step, known as OTU picking, can be performed by several tech-niques and significantly affects the final interpretation of the data. In this paper, a novel R/Biconductor package for microbiome data presentation using bipartite graphs is introduced while its benefits are demonstrated during comparison of 3 OTU picking techniques.
Klasifikace
Druh
D - Stať ve sborníku
CEP obor
—
OECD FORD obor
10201 - Computer sciences, information science, bioinformathics (hardware development to be 2.2, social aspect to be 5.8)
Návaznosti výsledku
Projekt
—
Návaznosti
S - Specificky vyzkum na vysokych skolach
Ostatní
Rok uplatnění
2017
Kód důvěrnosti údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Údaje specifické pro druh výsledku
Název statě ve sborníku
Proceedings of the 23rd Conference STUDENT EEICT 2017
ISBN
978-80-214-5496-5
ISSN
—
e-ISSN
—
Počet stran výsledku
3
Strana od-do
152-154
Název nakladatele
Neuveden
Místo vydání
Neuveden
Místo konání akce
Brno
Datum konání akce
27. 4. 2017
Typ akce podle státní příslušnosti
CST - Celostátní akce
Kód UT WoS článku
—