Detection of Highly Variable Genome Fragments in Unmapped Reads of Escherichia coli Genomes

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216305%3A26220%2F20%3APU136417" target="_blank" >RIV/00216305:26220/20:PU136417 - isvavai.cz</a>

Nalezeny alternativní kódy

RIV/65269705:_____/20:00073579

Výsledek na webu

<a href="http://dx.doi.org/10.1007/978-3-030-45385-5_51" target="_blank" >http://dx.doi.org/10.1007/978-3-030-45385-5_51</a>

DOI - Digital Object Identifier

<a href="http://dx.doi.org/10.1007/978-3-030-45385-5_51" target="_blank" >10.1007/978-3-030-45385-5_51</a>

Jazyk výsledku

angličtina

Název v původním jazyce

Detection of Highly Variable Genome Fragments in Unmapped Reads of Escherichia coli Genomes

Popis výsledku v původním jazyce

Whole-genome sequencing becomes a powerful tool in the study of closely related bacterial population as a single nucleotides changes can be detected. However, the postprocessing of obtained data still remains problematic. Reference-based assembly of genomes only allows identification of shared parts of genomes. Here, we show a pipeline for de novo assembly of unmapped reads and locating variable regions in it. Identified regions can be used as new markers for bacterial genotyping.

Název v anglickém jazyce

Detection of Highly Variable Genome Fragments in Unmapped Reads of Escherichia coli Genomes

Popis výsledku anglicky

Whole-genome sequencing becomes a powerful tool in the study of closely related bacterial population as a single nucleotides changes can be detected. However, the postprocessing of obtained data still remains problematic. Reference-based assembly of genomes only allows identification of shared parts of genomes. Here, we show a pipeline for de novo assembly of unmapped reads and locating variable regions in it. Identified regions can be used as new markers for bacterial genotyping.

Druh

D - Stať ve sborníku

CEP obor

—

OECD FORD obor

20602 - Medical laboratory technology (including laboratory samples analysis; diagnostic technologies) (Biomaterials to be 2.9 [physical characteristics of living material as related to medical implants, devices, sensors])

Projekt

<a href="/cs/project/GA17-01821S" target="_blank" >GA17-01821S: Výkonnostní techniky pro sestavování a anotaci bakteriálního genomu využívající číslicové zpracování genomických signálů</a><br>

Návaznosti

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)

Rok uplatnění

2020

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Název statě ve sborníku

Bioinformatics and Biomedical Engineering

ISBN

978-3-030-45384-8

ISSN

0302-9743

e-ISSN

—

Počet stran výsledku

10

Strana od-do

569-578

Název nakladatele

Neuveden

Místo vydání

neuveden

Místo konání akce

Granada

Datum konání akce

6. 5. 2020

Typ akce podle státní příslušnosti

WRD - Celosvětová akce

Kód UT WoS článku

000892623400051