Visualizing Horizontal Gene Transfer Detection in Phylogenetically Divergent Bacteria

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216305%3A26220%2F24%3APU151994" target="_blank" >RIV/00216305:26220/24:PU151994 - isvavai.cz</a>

Výsledek na webu

<a href="https://link.springer.com/chapter/10.1007/978-3-031-64636-2_20" target="_blank" >https://link.springer.com/chapter/10.1007/978-3-031-64636-2_20</a>

DOI - Digital Object Identifier

<a href="http://dx.doi.org/10.1007/978-3-031-64636-2_20" target="_blank" >10.1007/978-3-031-64636-2_20</a>

Jazyk výsledku

angličtina

Název v původním jazyce

Visualizing Horizontal Gene Transfer Detection in Phylogenetically Divergent Bacteria

Popis výsledku v původním jazyce

Horizontal Gene Transfer (HGT) plays an important and indispensable role in the evolution of bacterial genomes, serving as a mechanism that contributes to genetic diversity and enables adaptation across phylogenetically distant taxa. This study introduces an analysis tool implemented as an R package for detecting HGT events in diverse bacterial lineages. The tool combines the integration of a heat-map matrix with phylogenetic analysis visualization techniques to enhance the accuracy and efficiency of HGT event detection. We applied it to a diverse set of bacterial genomes from chicken and pig gut and expanded the results with established methods for HGT detection. The findings demonstrate the capability of our visualization techniques to pinpoint HGT events, offering a valuable tool for researchers to explore the intricate dynamics of bacterial genome evolution.

Název v anglickém jazyce

Visualizing Horizontal Gene Transfer Detection in Phylogenetically Divergent Bacteria

Popis výsledku anglicky

Horizontal Gene Transfer (HGT) plays an important and indispensable role in the evolution of bacterial genomes, serving as a mechanism that contributes to genetic diversity and enables adaptation across phylogenetically distant taxa. This study introduces an analysis tool implemented as an R package for detecting HGT events in diverse bacterial lineages. The tool combines the integration of a heat-map matrix with phylogenetic analysis visualization techniques to enhance the accuracy and efficiency of HGT event detection. We applied it to a diverse set of bacterial genomes from chicken and pig gut and expanded the results with established methods for HGT detection. The findings demonstrate the capability of our visualization techniques to pinpoint HGT events, offering a valuable tool for researchers to explore the intricate dynamics of bacterial genome evolution.

Druh

D - Stať ve sborníku

CEP obor

—

OECD FORD obor

10201 - Computer sciences, information science, bioinformathics (hardware development to be 2.2, social aspect to be 5.8)

Projekt

<a href="/cs/project/GA22-16786S" target="_blank" >GA22-16786S: Horizontální přenos genů v kuřecím střevním mikrobiomu: detekce a predikce antibiotického rezistomu a mobilomu</a><br>

Návaznosti

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)

Rok uplatnění

2024

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Název statě ve sborníku

Lecture Notes in Bioinformatics

ISBN

978-3-031-64636-2

ISSN

1611-3349

e-ISSN

—

Počet stran výsledku

11

Strana od-do

267-277

Název nakladatele

Springer Nature

Místo vydání

neuveden

Místo konání akce

Gran Canaria

Datum konání akce

15. 7. 2024

Typ akce podle státní příslušnosti

WRD - Celosvětová akce

Kód UT WoS článku

—