Zvýšení citlivosti detekce ´Candidatus Phytoplasma spp.´ skupiny 16SrX metodou real-time PCR s využitím RNA jako zdrojového materiálu

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F25271121%3A_____%2F19%3AN0000149" target="_blank" >RIV/25271121:_____/19:N0000149 - isvavai.cz</a>

Výsledek na webu

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Jazyk výsledku

čeština

Název v původním jazyce

Zvýšení citlivosti detekce ´Candidatus Phytoplasma spp.´ skupiny 16SrX metodou real-time PCR s využitím RNA jako zdrojového materiálu

Popis výsledku v původním jazyce

Candidatus Phytoplasma spp.´ skupiny 16SrX způsobují závažná onemocnění ovocných dřevin. Tato práce popisuje vylepšenou metodu detekce fytoplazmy ze skupiny 16SrX založenou na použití RNA namísto DNA jako zdrojového materiálu v real-time PCR uspořádání. Analýza byla provedena u 20 vzorků ovocných stromů, u kterých byla v předchozích diagnostických testech prokázána pozitivita na fytoplazmy ´Candidatus Phytoplasma mali´, ´Candidatus Phytoplasma pyri´ a ´Candidatus Phytoplasma prunorum´. Ukázalo se, že využití RNA jako vstupního materiálu vede v průměru až k 3,3x a 4,2x vyšší citlivosti detekce u ´Ca. P. mali´ a ´Ca. P. pyri´ a k více jak 18x vyšší citlivosti detekce v případě ´Ca. P. prunorum´. Vyšší citlivost detekce zvyšuje pravděpodobnost záchytu patogenu v rostlinném materiálu již při velmi nízkých koncentracích a snižuje se tak pravděpodobnost falešně negativních výsledků.

Název v anglickém jazyce

Increase in the detection sensitivity of ´Candidatus Phytoplasma spp.´ 16SrX group by real-time PCR using RNA as a source material

Popis výsledku anglicky

´Candidatus Phytoplasma spp.´ of 16SrX group cause serious diseases of fruit trees. Present work describes a novel method for the 16SrX phytoplasma detection that utilizes RNA instead of DNA as a source material in real-time PCR settings. The analysis was carried out in 20 fruit tree samples that had been previously tested positive either for ´Candidatus Phytoplasma mali´, ´Candidatus Phytoplasma pyri´ or ´Candidatus Phytoplasma prunorum´. Our results showed that the use of RNA as a source material could lead to an average 3.3fold and 4.2fold increase in the detection sensitivity for ´Ca. P. mali´ and ´Ca. P. pyri´, respectively, and to more than 18fold increase in case of ´Ca. P. prunorum´. A higher detection sensitivity then translates into a higher possibility of a pathogen detection in a plant material even when it is present in a very low concentration, lowering thus the probability of false negative results.

Druh

J_ost - Ostatní články v recenzovaných periodicích

CEP obor

—

OECD FORD obor

10609 - Biochemical research methods

Projekt

<a href="/cs/project/LO1608" target="_blank" >LO1608: Výzkumné ovocnářské centrum</a><br>

Návaznosti

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)

Rok uplatnění

2019

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Název periodika

Vědecké práce ovocnářské

ISSN

0231-6900

e-ISSN

—

Svazek periodika

—

Číslo periodika v rámci svazku

26

Stát vydavatele periodika

CZ - Česká republika

Počet stran výsledku

9

Strana od-do

107-115

Kód UT WoS článku

—

EID výsledku v databázi Scopus

—