Testování jabloní na přítomnost virů metodou nové generace sekvenování

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F25271121%3A_____%2F20%3AN0000016" target="_blank" >RIV/25271121:_____/20:N0000016 - isvavai.cz</a>

Výsledek na webu

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Jazyk výsledku

čeština

Název v původním jazyce

Testování jabloní na přítomnost virů metodou nové generace sekvenování

Popis výsledku v původním jazyce

Metodou nové generace sekvenování (NGS) bylo testováno 28 podnoží jabloně M9 zakoupených od české a renomované zahraniční firmy a 2 rostlin odrůd ´Golden Delicious´, ´Šampion´, ´Jonagored Supra´, ´Boskoopské červené´, ´Selena´ a ´Idared´ udržovaných v technické izolaci v hmyzutěsném skleníku ve Výzkumném a šlechtitelském ústavu ovocnářském Holovousy s.r.o. NGS knihovny byly připraveny z obohacené dvouvláknové RNA a sekvenovány pomocí NovaSeq 6000. Tři podnože a dvě odrůdy ´Golden Delicious´ a ´Boskoopské červené´, neobsahovaly žádnou virovou nebo viroidní sekvenci. U jedné podnože M9 Elite byl potvrzen výskyt Apple stem grooving virus (ASGV). Ve zbývajících odrůdách byly nově prokázány a potvrzeny pomocí RT-PCR a Sangerovým sekvenováním Citrus concave gum-associated virus (CCGaV) a Apple hammerhead viroid-like RNA (AHVd). Oba patogeny byly detekovány také v komerčních sadech, aleji starých jabloní a v domácích zahradách, což naznačuje jejich přítomnost v České republice pravděpodobně po celá desetiletí.

Název v anglickém jazyce

Testing apple trees for viruses by the Next Generation Sequencing

Popis výsledku anglicky

Twenty-eight M9 certified rootstock plants purchased from a Czech and international producers and 2 plants of cultivars ´Golden Delicious´, ´Šampion´, ´Jonagored Supra´, ´Boskoopské červené´, ´Selena´ and ´Idared´ from technical isolation in insect proof screen-house at the Research and Breeding Institute of Pomology Holovousy Ltd., were tested by the next generation sequencing method (NGS). The NGS libraries were prepared from enriched double-stranded RNA and processed with NovaSeq 6000. Three M9 Basic quality rootstocks and two cultivars, ´Golden Delicious´ and ´Boskoop red, were found free of any virus or viroid-like sequence. One M9 Elite rootstock was positive for Apple stem grooving virus (ASGV). In remaining cultivars were found firstly by NGS and confirmed by RT-PCR and Sanger sequencing Apple hammerhead viroid-like RNA (AHVd) and Citrus concave gum-associated virus (CCGaV). Both pathogens were detected also in commercial orchards, an old apple alley and home garden trees suggesting their presence in the Czech Republic probably for decades.

Druh

J_ost - Ostatní články v recenzovaných periodicích

CEP obor

—

OECD FORD obor

40106 - Agronomy, plant breeding and plant protection; (Agricultural biotechnology to be 4.4)

Projekt

<a href="/cs/project/QK1910065" target="_blank" >QK1910065: Nové přístupy k produkci ozdravených odrůd jabloní s využitím diagnostiky NGS patogenů</a><br>

Návaznosti

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)<br>I - Institucionalni podpora na dlouhodoby koncepcni rozvoj vyzkumne organizace

Rok uplatnění

2020

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Název periodika

Zahradnictví

ISSN

1213-7596

e-ISSN

—

Svazek periodika

19

Číslo periodika v rámci svazku

8

Stát vydavatele periodika

CZ - Česká republika

Počet stran výsledku

3

Strana od-do

35-37

Kód UT WoS článku

—

EID výsledku v databázi Scopus

—