Real-time PCR detekce virů Strawberry mild yellow edge virus (SMYEV), Strawberry crinkle virus (SCV), Strawberry vein banding virus (SVBV), Strawberry mottle virus (SMoV) a Strawberry polerovirus-1 (SPV-1) v biologickém materiálu

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F25271121%3A_____%2F20%3AN0000049" target="_blank" >RIV/25271121:_____/20:N0000049 - isvavai.cz</a>

Výsledek na webu

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Jazyk výsledku

čeština

Název v původním jazyce

Real-time PCR detekce virů Strawberry mild yellow edge virus (SMYEV), Strawberry crinkle virus (SCV), Strawberry vein banding virus (SVBV), Strawberry mottle virus (SMoV) a Strawberry polerovirus-1 (SPV-1) v biologickém materiálu

Popis výsledku v původním jazyce

Metodika se zaměřuje na zavedení nového detekčního systému pro rutinní diagnostiku rostlinných virů Strawberry mild yellow edge virus (SMYEV), Strawberry crinkle virus (SCV, oba kmeny A i B), Strawberry vein banding virus (SVBV, evropská i kanadská forma), Strawberry mottle virus (SMoV) a Strawberry polerovirus-1 (SPV-1), původců virového onemocnění jahodníku (Fragaria spp. L.). SMYEV je původcem virového okrajového žloutnutí listů jahodníku, SCV způsobuje virovou kadeřavost jahodníku, SVBV virové lemování žilek jahodníku a SMoV virovou strakatost jahodníku, pro virus SPV-1 se zatím v literatuře název konkrétního onemocnění neuvádí. Navržená metodika detekce virů je založena na principu real-time PCR. Tento přístup umožňuje současnou kvalitativní/kvantitativní detekci všech pěti virů v jedné reakci. Navržený detekční systém byl validován v multiplexním uspořádání pro použití s cyklerem Rotor-Gene Q (Qiagen) dle validačního schématu obsaženého v EPPO (European and Mediterranean Plant Protection Organization) PM7/98 (4) Specific requirements for laboratories preparing accreditation for a plant pest diagnostic activity. Využití detekčního systému se předpokládá zejména pro rutinní diagnostiku těchto virů při certifikaci rozmnožovacího materiálu.

Název v anglickém jazyce

Real-time PCR detection of Strawberry mild yellow edge virus (SMYEV), Strawberry crinkle virus (SCV), Strawberry vein banding virus (SVBV), Strawberry mottle virus (SMoV) and Strawberry polerovirus-1 (SPV-1) in biological material

Popis výsledku anglicky

The aim of this method is to implement a new detection system for a routine diagnostics of plant viruses Strawberry mild yellow edge virus (SMYEV), Strawberry crinkle virus (SCV, both strains A and B), Strawberry vein banding virus (SVBV, European and Canadian form), Strawberry mottle virus (SMoV) a Strawberry polerovirus-1 (SPV-1) that cause strawberry diseases. The detection method is based on real-time PCR; this approach allows simultaneous qualitative/quantitative detection of all viruses in one reaction. The detection system was validated in simplex and multiplex arrangements with the use of Rotor-Gene Q cycler (Qiagen) according to the validation scheme EPPO (European and Mediterranean Plant Protection Organization) PM7/98(4) Specific requirements for laboratories preparing accreditation for a plant pest diagnostic activity. The detection system may be preferably used for routine diagnostics of SMYEV, SCV, SVBV, SMoV and SPV-1 during the certification procedure of strawberry propagation materials.

Druh

N_metC - Metodiky certifikované oprávněným orgánem

CEP obor

—

OECD FORD obor

10608 - Biochemistry and molecular biology

Projekt

<a href="/cs/project/QK1920245" target="_blank" >QK1920245: Výzkum rozšíření, biologických vlastností a škodlivosti virů identifikovaných v rostlinách jahodníku pomocí nejnovějších diagnostických metod (NGS, PCR) jako podklad pro přípravu legislativy</a><br>

Návaznosti

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)

Rok uplatnění

2020

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Interní identifikační kód produktu

978-80-87030-75-2

Číslo předpisu

UKZUZ 205307/2020

Technické parametry

Osvědčení pod č.j. UKZUZ 205307/2020 o uznání uplatněné certifikované metodiky vydal Ústřední kontrolní a zkušební ústav zemědělský, Brno. Smlouva o využití výsledku uživatelem byla uzavřena s ÚKZÚZ

Ekonomické parametry

Metodika pro diagnostiku virů SMYEV, SCV, SVBV, SMoV a SPV-1 metodou real-time PCR je optimalizována pro současnou detekci všech virů v jedné PCR reakci, eliminuje se tedy nutnost připravovat pět nezávislých PCR reakcí pro detekci těchto virů. Metodika zrychluje, zpřesňuje a zlevňuje diagnostiku virů SMYEV, SCV, SVBV, SMoV a SPV-1. Laboratoře mohou zpracovat s vyšší citlivostí za stejný čas větší množství vzorků za nižší cenu, což se promítne do ekonomiky laboratoře -snížením nákladů na jednu analýzu, uvolněním kapacity laboratoře pro další testy. Rychlejší odezva bude mít pozitivní dopad na ekonomiku žadatele o testování, jelikož získá výsledky v kratším čase. Odhad ekonomického přínosu pro tyto žadatele je těžko vyčíslitelný, bude záležet na rozsahu nákazy a rychlosti odezvy laboratoře. Pozitivní dopad bude mít využití metodiky pro testování rozmnožovacího materiálu, kdy včasnou detekcí pozitivních rostlin bude zabráněno šíření virů množitelským materiálem a tím i ztrátám na výnosu v dalších letech.

Označení certifikačního orgánu

Ústřední kontrolní a zkušební ústav zemědelský, Hroznová 2, 656 06, Brno

Datum certifikace

—

Způsoby využití výsledku

C - Výsledek je využíván bez omezení okruhu uživatelů