Genetická variabilita virů rybízu Blackcurrant reversion virus (BRV) a Gooseberry vein banding associated virus (GVBaV) v České republice

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F25271121%3A_____%2F21%3AN0000127" target="_blank" >RIV/25271121:_____/21:N0000127 - isvavai.cz</a>

Výsledek na webu

<a href="https://vpovsuo.cz/wp-content/uploads/2021/11/1_Valentova_VPO27_2_21.pdf" target="_blank" >https://vpovsuo.cz/wp-content/uploads/2021/11/1_Valentova_VPO27_2_21.pdf</a>

DOI - Digital Object Identifier

—

Jazyk výsledku

čeština

Název v původním jazyce

Genetická variabilita virů rybízu Blackcurrant reversion virus (BRV) a Gooseberry vein banding associated virus (GVBaV) v České republice

Popis výsledku v původním jazyce

BRV a GVBaV patří celosvětově mezi nejvýznamnější viry ovlivňující produkci rybízu. Předmětem této práce je studium genetické variability virů rybízu Blackcurrant reversion virus (BRV) a Gooseberry vein banding associated virus (GVBaV) na území České republiky. U BRV byla pro srovnání použita 3’UTR oblast a pro GVBaV byla analyzována oblast ORF3. Celkem se z RT-PCR pozitivních vzorků na přítomnost viru BRV (103) a GVBaV (82) podařilo získat 155 sekvencí (74 BRV; 81 GVBaV). Na základě fylogenetických analýz vytvořených programem MEGA X bylo definováno 38 různých genotypů viru BRV a 30 různých genotypů viru GVBaV, které byly u obou virů rozděleny do dvou hlavních klastrů (A a B) a následně podskupin (A1 a A2, v případě BRV i B1 a B2). Nejčastěji se vyskytujícím genotypem viru BRV byl genotyp B2.16 (33,8 % izolátů), v případě viru GVBaV to byl genotyp B.4 (26,3 % izolátů). Celkově byla vnitrodruhová variabilita viru BRV vyšší než u GVBaV. BRV byl nejčastěji detekován v produkčních výsadbách (84,2 % pozitivních rostlin), virus GVBaV (74,2 %) naopak výrazně dominoval v neprodukčních výsadbách. Nejčastějším hostitelem pro BRV byl černý rybíz, GVBaV byl častěji nalezen u červeného a bílého rybízu.

Název v anglickém jazyce

Genetic variability of Blackcurrant reversion virus (BRV) and Gooseberry vein banding associated virus (GVBaV) in the Czech Republic

Popis výsledku anglicky

BRV and GVBaV are the most important viruses affecting currant production worldwide. The subject of this work was to study genetic variability of Blackcurrant reversion virus (BRV) and Gooseberry vein banding associated virus (GVBaV) in the Czech Republic using 3’UTR and ORF 3 regions, respectively. In total, 155 sequences were obtained (74 for BRV; 81 for GVBaV) from a set of 103 BRV and 82 GVBaV RT-PCR-positive samples. Based on phylogenetic trees created in a MEGA X program, 38 different BRV genotypes and 30 GVBaV genotypes were defined. In both viruses, genotypes could be divided into two main clusters (A and B), and further subdivided into A1 and A2 subgroups, and B1 and B2 subgroups for BRV only. The most common BRV genotype was B2.16 (33.8 % of BRV-infected plants), and the GVBaV genotype B.4 (26.3 % of GVBaV-infected plants). Overall, an intraspecies variability in BRV was higher than in GVBaV that was generally low. BRV was found most frequently in production fields (84.2 % positive plants), while GVBaV was identified predominantly in non-production plantings. Black currant was the most frequent host of BRV, while GVBaV was mostly identified in red and white currants.

Druh

J_ost - Ostatní články v recenzovaných periodicích

CEP obor

—

OECD FORD obor

10607 - Virology

Projekt

—

Návaznosti

I - Institucionalni podpora na dlouhodoby koncepcni rozvoj vyzkumne organizace

Rok uplatnění

2021

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Název periodika

Vědecké práce ovocnářské

ISSN

2695-1347

e-ISSN

—

Svazek periodika

27

Číslo periodika v rámci svazku

2

Stát vydavatele periodika

CZ - Česká republika

Počet stran výsledku

11

Strana od-do

14-24

Kód UT WoS článku

—

EID výsledku v databázi Scopus

—