Vývoj a validace diagnostického real-time PCR systému pro detekci Olive latent viru 1 (OLV-1) v rostlinách jahodníku

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F25271121%3A_____%2F21%3AN0000132" target="_blank" >RIV/25271121:_____/21:N0000132 - isvavai.cz</a>

Výsledek na webu

<a href="https://vpovsuo.cz/wp-content/uploads/2021/11/1_Valentova_VPO27_2_21.pdf" target="_blank" >https://vpovsuo.cz/wp-content/uploads/2021/11/1_Valentova_VPO27_2_21.pdf</a>

DOI - Digital Object Identifier

—

Jazyk výsledku

čeština

Název v původním jazyce

Vývoj a validace diagnostického real-time PCR systému pro detekci Olive latent viru 1 (OLV-1) v rostlinách jahodníku

Popis výsledku v původním jazyce

Přirozeným hostitelem viru Olive latent virus 1 (OLV-1) je olivovník (Olea europaea L.), dále byl výskyt tohoto viru potvrzen ještě v rostlinách citrusů, v tulipánech a v rajčatech. OLV-1 byl nově nalezen v rostlinách jahodníku metodou sekvenování nové generace (Next generation Sequencing; NGS), a proto byl navržen diagnostický systém na principu real-time PCR pro jeho rutinní detekci. Navržený detekční systém byl validován podle standardu vydaného Evropskou organizací na ochranu rostlin (EPPO) PM 7/98 (4), aby mohl být používán v akreditovaných laboratořích. V rámci validace byly pomocí syntetického standardu stanoveny výkonnostní parametry diagnostického PCR systému – specificita, senzitivita, opakovatelnost a reprodukovatelnost. Na základě analýzy dostupných sekvencí viru OLV-1 a vlastního sekvenování byly navrženy primery a sonda tak, aby PCR systém detekoval pouze popsané izoláty OLV-1 (specificita 100 %). Senzitivita detekce byla stanovena na 50 kopií na reakci; koncentrace 500 kopií na reakci byla použita jako limitní ředění pro stanovení dalších parametrů. Opakovatelnost měřená variačním koeficientem byla 1,05 % a reprodukovatelnost vyjádřená variačním koeficientem byla 1,08 %. Získané parametry prokázaly funkčnost a spolehlivost real-time PCR detekčního systému a jeho uplatnitelnost pro validní detekci OLV-1 v rostlinách jahodníku v akreditovaných laboratořích.

Název v anglickém jazyce

Development and validation of a diagnostic real-time PCR system for Olive latent virus 1 (OLV-1) detection in strawberry plants

Popis výsledku anglicky

Olive (Olea europaea L.) is a natural host of Olive latent virus 1 (OLV-1) that was also found in citrus trees, tulips and tomatoes. OLV-1 was detected by next-generation sequencing (NGS) also in strawberry plants, and therefore a new real-time PCR system has been developed for its routine detection. The designed diagnostic kit was validated following the PM 7/98 (4) standard issued by European and Mediterranean Plant Protection Organization (EPPO) to allow its use in accredited laboratories. Using a synthetic standard, the following performance parameters of the kit were set during validation: specificity, sensitivity, repeatability, and reproducibility. Based on available OLV-1 sequences and our own sequencing results, primers and probe were designed to specifically detect only OLV-1 isolates (100% specificity). Sensitivity of the detection was assessed to be 50 copies per reaction; 500 copies per reaction was used to calculate other parameters. Repeatability and reproducibility were expressed as a variation coefficient, and were found to be 1.05 % and 1.08 %, respectively. Obtained parameters proved that the real-time PCR system for the detection of OLV-1 in strawberries was functional, reliable, and could be used in accredited laboratories for valid OLV-1 diagnostic.

Druh

J_ost - Ostatní články v recenzovaných periodicích

CEP obor

—

OECD FORD obor

10607 - Virology

Projekt

<a href="/cs/project/QK1920245" target="_blank" >QK1920245: Výzkum rozšíření, biologických vlastností a škodlivosti virů identifikovaných v rostlinách jahodníku pomocí nejnovějších diagnostických metod (NGS, PCR) jako podklad pro přípravu legislativy</a><br>

Návaznosti

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)

Rok uplatnění

2021

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Název periodika

Vědecké práce ovocnářské

ISSN

2695-1347

e-ISSN

—

Svazek periodika

27

Číslo periodika v rámci svazku

2

Stát vydavatele periodika

CZ - Česká republika

Počet stran výsledku

13

Strana od-do

1-13

Kód UT WoS článku

—

EID výsledku v databázi Scopus

—