Ozdravování jabloní s využitím diagnostiky NGS

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F25271121%3A_____%2F23%3AN0000012" target="_blank" >RIV/25271121:_____/23:N0000012 - isvavai.cz</a>

Výsledek na webu

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Jazyk výsledku

čeština

Název v původním jazyce

Ozdravování jabloní s využitím diagnostiky NGS

Popis výsledku v původním jazyce

Cílem práce bylo ověřit nové přístupy k produkci ozdraveného množitelského materiálu jabloní s využitím moderních metod sekvenování nové generace. Probíhalo stanovení přítomnosti virů uvedených ve stávajícím certifikačním schématu EPPO a nových neznámých virů a viroidů. Výsledky diagnostiky prokázaly, že testované odrůdy udržované v technickém izolátu a podnože M9 byly prosté virů uvedených v certifikačním schématu EPPO pro jabloně, a tedy splňují kvalitativní požadavky na rozmnožovací materiál dle standardu EPPO a certifikace „virus-free“. V odrůdách jabloně byly ale zjištěny sekvence patogenů Apple hammerhead viroid, dále pak ilarvirus a Citrus concave gum-associated virus. V případě rostlin podnože M9 byl zjištěn zatím nepopsaný virus, pojmenovaný Apple associated virus 1, s podobností sekvencí s Tomato matilda-associated virus. Po ozdravovacích procedurách se podařilo získat rostliny, které byly po testování negativní na viry detekované v mateřských rostlinách. Dosažené výsledky prokazují velký potenciál technologie NGS pro zjištění virů a viroidů při certifikaci zdravotního stavu a ozdravování vegetativně množených plodin.

Název v anglickém jazyce

Sanitation of apple using NGS diagnostics

Popis výsledku anglicky

The aim of the work was to verify new approaches to the production of healthy propagating material of apple trees using modern Next Generation Sequencing methods. The evaluation was conducted in terms of viruses listed in the existing EPPO certification scheme and new unknown viruses and viroids. The results of the diagnostics proved that the tested varieties maintained in the technical isolate and the M9 rootstock were free of viruses listed in the EPPO certification scheme for apple trees, and therefore meet the quality requirements for propagating material according to the EPPO standard and "virus-free" certification. However, sequences of pathogens Apple hammerhead viroid, ilarvirus and Citrus concave gum-associated virus were detected in apple varieties. In the case of M9 rootstock plants, a virus yet undescribed, with sequence similarity to Tomato matilda-associated virus, was detected. It was named Apple associated virus 1. After treatment procedures, it was possible to obtain plants that were tested negative for the viruses detected in the initial mother plants. The achieved results demonstrate the great potential of NGS diagnostics for the detection of viruses and viroids in certification system and recovery of vegetatively propagated crops.

Druh

J_ost - Ostatní články v recenzovaných periodicích

CEP obor

—

OECD FORD obor

10607 - Virology

Projekt

<a href="/cs/project/QK1910065" target="_blank" >QK1910065: Nové přístupy k produkci ozdravených odrůd jabloní s využitím diagnostiky NGS patogenů</a><br>

Návaznosti

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)

Rok uplatnění

2023

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Název periodika

Zahradnictví

ISSN

1213-7596

e-ISSN

—

Svazek periodika

22

Číslo periodika v rámci svazku

6

Stát vydavatele periodika

CZ - Česká republika

Počet stran výsledku

3

Strana od-do

10-12

Kód UT WoS článku

—

EID výsledku v databázi Scopus

—