Aanalýza geentické diverzity a populační struktury kolekce hrachu (Pisum sativum L.) pomocí kombinované analýzy mikrosatelitních, retrotransposonových a morfologických markerů.
Popis výsledku
164 položek hrachu, představujících české a slovenské šlechtění během posledních 50 let bylo analyzováno pomocí mikrosatelitních, retrotranspsonových a klasických morfoligickým markerů. Celkem bylo použito 10 SSR a 31 RBIP lokusů, společně s 15 kvalitativními a 18 kvantitativními morfologickými znaky. Bylo provedeno vyhdonocení pomocí Wardovy metody s odhadem 9 shluků na základě molekulárních dat a 5 až 7 shluky na základě morfologických znaků. Dále byly spočteny hodnoty PCA a MDS. Pro možnost integraceobou typů dat byla využita Bayesiánká metoda analýzy, na jejímž základě bylo vybrano 34 položek do core kolekce, plně representujících genetickou diverzitu původní kolekce. Porovnání genetické diverzity všech sledovaných znaků výchozí a core kolekcí, potvrdilo vhodnost této metody.
Klíčová slova
core collectionBayesian inferencegermplasmgenetic diversitypeamicrosatellitesretrotransposonesmorphological descriptors
Identifikátory výsledku
Kód výsledku v IS VaVaI
Nalezeny alternativní kódy
RIV/26784246:_____/08:#0000096
Výsledek na webu
—
DOI - Digital Object Identifier
—
Alternativní jazyky
Jazyk výsledku
angličtina
Název v původním jazyce
Genetic diversity and population structure of pea (Pisum sativum L.) varieties derived from combined retrotransposon, microsatellite and morphological marker analysis.
Popis výsledku v původním jazyce
One hundred and sixty-four accessions representing Czech and Slovak pea (Pisum sativum L.) varieties bred over the last 50 years were evaluated for genetic diversity using morphological, simple sequence repeat (SSR) and retrotransposon-based insertion polymorphism (RBIP) markers. Polymorphic information content (PIC) values of 10 SSR loci and 31 RBIP markers were on average high at 0.89 and 0.73, respectively. To enable integration and evaluation of all data types, a Bayesian method for clustering was applied.A core collection of 34 samples was derived from the complete collection by BAPS Bayesian analysis. Values for average gene diversity and allelic richness for molecular marker loci and diversity indexes of phenotypic data were found to be similarbetween the two collections, showing that this is a useful approach for representative core selection.
Název v anglickém jazyce
Genetic diversity and population structure of pea (Pisum sativum L.) varieties derived from combined retrotransposon, microsatellite and morphological marker analysis.
Popis výsledku anglicky
One hundred and sixty-four accessions representing Czech and Slovak pea (Pisum sativum L.) varieties bred over the last 50 years were evaluated for genetic diversity using morphological, simple sequence repeat (SSR) and retrotransposon-based insertion polymorphism (RBIP) markers. Polymorphic information content (PIC) values of 10 SSR loci and 31 RBIP markers were on average high at 0.89 and 0.73, respectively. To enable integration and evaluation of all data types, a Bayesian method for clustering was applied.A core collection of 34 samples was derived from the complete collection by BAPS Bayesian analysis. Values for average gene diversity and allelic richness for molecular marker loci and diversity indexes of phenotypic data were found to be similarbetween the two collections, showing that this is a useful approach for representative core selection.
Klasifikace
Druh
Jx - Nezařazeno - Článek v odborném periodiku (Jimp, Jsc a Jost)
CEP obor
EB - Genetika a molekulární biologie
OECD FORD obor
—
Návaznosti výsledku
Projekt
—
Návaznosti
Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)
Ostatní
Rok uplatnění
2008
Kód důvěrnosti údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Údaje specifické pro druh výsledku
Název periodika
Theoretical and Applied Genetics
ISSN
0040-5752
e-ISSN
—
Svazek periodika
117
Číslo periodika v rámci svazku
3
Stát vydavatele periodika
DE - Spolková republika Německo
Počet stran výsledku
12
Strana od-do
320-332
Kód UT WoS článku
—
EID výsledku v databázi Scopus
—
Základní informace
Druh výsledku
Jx - Nezařazeno - Článek v odborném periodiku (Jimp, Jsc a Jost)
CEP
EB - Genetika a molekulární biologie
Rok uplatnění
2008