IAB WHOLE GENOME SEQUENCING KIT

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F27225712%3A_____%2F22%3AN0000001" target="_blank" >RIV/27225712:_____/22:N0000001 - isvavai.cz</a>

Výsledek na webu

<a href="http://www.iabio.eu" target="_blank" >http://www.iabio.eu</a>

DOI - Digital Object Identifier

—

Jazyk výsledku

čeština

Název v původním jazyce

IAB WHOLE GENOME SEQUENCING KIT

Popis výsledku v původním jazyce

Prototyp komplexního diagnostického řešení, které umožňuje rozsáhlé sekvenování vzorků lidské DNA na základě technologie „Next-Generation Sequencing“ (NGS) za účelem získání kompletní informace (sekvence) lidského genomu. Toto řešení zahrnuje postupy od kontroly kvality vstupních vzorků, přes přípravu a sekvenaci WGS knihoven, až po bioinformatickou analýzu. Technické řešení se týká oblasti molekulární biologie, konkrétně analýzy lidského genomu s využitím sekvenačních dat, která jsou generována prostřednictvím technologie „Next-Generation Sequencing“ (NGS). V posledních letech dochází k jedné z nejdůležitějších změn ve zdravotnictví, a to prostřednictvím neustále se rozšiřujícího používání personalizovaných postupů terapie pro široké spektrum nemocí. Vzhledem k povaze takovéto terapie je klíčovou metodou genomová sekvenace a navazující analýzy dat, které nám umožňují analýzu celého genomu. Posláním sekvenace ve spojení s bioinformatikou je identifikovat genetický základ onemocnění u jedince, v rámci rodiny nebo skupin lidí v populaci. Pro diagnostické, a především terapeutické účely je pak zásadní celogenomový přístup, který umožní získat komplexní informaci nejen o povaze choroby, ale také o citlivosti na terapii či analýzu rizik spojených s určitou terapií. Part 1: IAB DNA Quantification Control Set – určený pro kontrolu kvality vstupních vzorků - Obsahuje reagencie pro kvantitativní analýzu vstupních vzorků. Part 2: IAB Library Preparation Set – určený pro přípravu celogenomových WGS knihoven - Obsahuje magnetické kuličky pro velikostní selekci fragmentů. - Obsahuje univerzální adaptory pro přípravu knihoven DNA pro sekvenování s jedním čtením, s párovaným koncem a indexované sekvenování. Part 3: IAB NGS Library Quality Control Set – určený pro kontrolu kvality připravených NGS knihoven - Obsahuje reagencie pro stanovení koncentrace připravených NGS knihoven. - Obsahuje reagencie pro stanovení průměrné velikosti fragmentů připravených NGS knihoven. Part 4: IAB Sequencing Set – určený k sekvenaci celogenomových WGS knihoven - Obsahuje reagencie a komponenty potřebné ke spuštění sekvenace na přístroji NovaSeq 6000.

Název v anglickém jazyce

IAB WHOLE GENOME SEQUENCING KIT

Popis výsledku anglicky

A prototype of a comprehensive diagnostic solution that enables large-scale sequencing of human DNA samples based on Next-Generation Sequencing (NGS) technology to obtain complete information (sequence) of the human genome. This solution includes procedures ranging from quality control of input samples, to preparation and sequencing of WGS libraries, to bioinformatic analysis. The technical solution relates to the field of molecular biology, specifically the analysis of the human genome using sequencing data generated by Next-Generation Sequencing (NGS) technology. In recent years, one of the most important changes in healthcare has occurred through the increasing use of personalised therapies for a wide range of diseases. Due to the nature of such therapies, genome sequencing and downstream data analysis is a key method that allows us to analyse the whole genome. The mission of sequencing, in conjunction with bioinformatics, is to identify the genetic basis of disease in an individual, within a family, or within groups of people in a population. A genome-wide approach is then essential for diagnostic and, above all, therapeutic purposes, enabling comprehensive information to be obtained not only on the nature of the disease, but also on sensitivity to therapy or analysis of the risks associated with a particular therapy. Part 1: IAB DNA Quantification Control Set - for quality control of input samples - Contains reagents for quantitative analysis of input samples. Part 2: IAB Library Preparation Set - designed for the preparation of whole genome WGS libraries - Contains magnetic beads for fragment size selection. - Includes universal adapters for preparing DNA libraries for single-read, paired-end and indexed sequencing. Part 3: IAB NGS Library Quality Control Set - designed for quality control of prepared NGS libraries - Contains reagents for determining the concentration of prepared NGS libraries. - Contains reagents for determining the average fragment size of prepared NGS libraries. Part 4: IAB Sequencing Set - for sequencing whole genome WGS libraries - Contains reagents and components needed to run sequencing on the NovaSeq 6000.

Druh

G_prot - Prototyp

CEP obor

—

OECD FORD obor

30502 - Other medical science

Projekt

<a href="/cs/project/EG16_084%2F0010360" target="_blank" >EG16_084/0010360: ENIGMA CZ - Etalon Národní Interpretované Genomové Mapy ČR</a><br>

Návaznosti

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)

Rok uplatnění

2022

Kód důvěrnosti údajů

C - Předmět řešení projektu podléhá obchodnímu tajemství (§ 504 Občanského zákoníku), ale název projektu, cíle projektu a u ukončeného nebo zastaveného projektu zhodnocení výsledku řešení projektu (údaje P03, P04, P15, P19, P29, PN8) dodané do CEP, jsou upraveny tak, aby byly zveřejnitelné.

Interní identifikační kód produktu

IAB WHOLE GENOME SEQUENCING KIT

Číselná identifikace

000000001A

Technické parametry

Hodnocené a parametry a nastavené limitní hodnoty Kontrolní bod Hodnocený parametr 1. Kontrola kvality Limitní hodnoty Koncentrace vstupních vzorků A260/280 1,6 – 2,1 c > 20 ng/µl Množství DNA Integrita gDNA > 1000 ng 2. Kontrola kvality WGS knihoven > 10 kbp Koncentrace knihovny c > 4 nM Průměrná velikost fragmentů 800-1000 bp Počet čtených klastrů (PF) Hustota klastrů = 2961 K/mm2 > 70% Kvalita sekvenování (Q30) > 85% 3.Kontrola sekvenace Obsazenost flow cell Velikost výstupních dat 90-98% > 2400 Gbp Obsah PhiX Chybovost 0,2 – 1 % ≤0,4% Kontrola kvality vstupních vzorků: Kontrola čistoty izolátů gDNA byla provedena na přístroji Nanodrop, kde byl sledován poměr absorbance při vlnové délce 260 nm a 280 nm. Jako blank byla zvolena DEPC-water. Zvolený limit výsledné hodnoty se měl pohybovat v rozmezí 1,6 – 2,1. Kvantita vstupních vzorků byla posouzena na základě fluorometrického měření koncentrace na přístroji Qubit. Zvolený limit výsledných hodnot byl stanoven na minimální koncentraci c >20 ng/µl, objem vstupního materiálu V >55 µl a celkové množství gDNA 1000 ng. Poslední sledovaný parametr je integrita gDNA. Integrita byla naměřená na gelové elektroforéze, kdy zvolený limit byl > 10 kbp. Posouzení kvantity připravených knihoven bylo realizováno pomocí fluorometrického měření koncentrace na přístroji Qubit. Zvolený limit koncentrace celogenomových knihoven byl nastaven na c > 4 nM. Velikost fragmentů byla naměřena za pomocí kapilární elektroforézy na přístroji Agilent Bioanalyzer 2100. Zvolený limit průměrné velikosti fragmentů byl 800-1000 bp. Připravené celogenomové WGS knihovny byly sekvenovány na přístroji NovaSeq 6000.

Ekonomické parametry

Závěr: Splněno • Sekvenace všech typů izolátů proběhla v pořádku. Základní parametry sekvenace splňují nastavené limity. • V rámci technické dokumentace byla potvrzena funkční způsobilost kitu IAB Whole Genome Sequencing.

Kategorie aplik. výsledku dle nákladů

—

IČO vlastníka výsledku

27225712

Název vlastníka

Institute of Applied Biotechnologies a.s.

Stát vlastníka

CZ - Česká republika

Druh možnosti využití

V - Výsledek je využíván vlastníkem

Požadavek na licenční poplatek

Z - Poskytovatel licence na výsledek nepožaduje v některých případech licenční poplatek

Adresa www stránky s výsledkem

www.iabio.eu