Parallel algorithms for degenerate and weighted sequences derived from high throughput sequencing technologies

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F49777513%3A23520%2F09%3A00504029" target="_blank" >RIV/49777513:23520/09:00504029 - isvavai.cz</a>

Výsledek na webu

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Jazyk výsledku

angličtina

Název v původním jazyce

Parallel algorithms for degenerate and weighted sequences derived from high throughput sequencing technologies

Popis výsledku v původním jazyce

In this paper, we address the problem of efficiently mapping and classifying millions of degenerate and weighted sequences to a reference genome, based on whether they occur exactly once in the genome or not, and by taking into consideration probabilityscores. In particular, we design parallel algorithms for Massive Exact and Approximate Unique Pattern Matching for degenerate and weighted sequences derived from high throughput sequencing technologies.

Název v anglickém jazyce

Parallel algorithms for degenerate and weighted sequences derived from high throughput sequencing technologies

Popis výsledku anglicky

In this paper, we address the problem of efficiently mapping and classifying millions of degenerate and weighted sequences to a reference genome, based on whether they occur exactly once in the genome or not, and by taking into consideration probabilityscores. In particular, we design parallel algorithms for Massive Exact and Approximate Unique Pattern Matching for degenerate and weighted sequences derived from high throughput sequencing technologies.

Druh

O - Ostatní výsledky

CEP obor

BA - Obecná matematika

OECD FORD obor

—

Projekt

—

Návaznosti

I - Institucionalni podpora na dlouhodoby koncepcni rozvoj vyzkumne organizace

Rok uplatnění

2009

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů