Metodika vyhledávání dárce dle DNA faktorů

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F49777513%3A23520%2F14%3A43920535" target="_blank" >RIV/49777513:23520/14:43920535 - isvavai.cz</a>

Výsledek na webu

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Jazyk výsledku

čeština

Název v původním jazyce

Metodika vyhledávání dárce dle DNA faktorů

Popis výsledku v původním jazyce

Jedná se o metodiku vyhledávání potenciálně shodných dárců kostní dřeně, která je založena na využití pravděpodobnostních modelů haplotypů nepříbuzných jedinců s nejednoznačnou typizací a pravděpodobnostních modelů shod pacient-dárce. Vstupem pro vyhledávání je aktuální seznam všech známých haplotypů a provedené typizace dárců. Metodika popisuje jednotlivé kroky potřebné pro vyhledání potenciálně shodných dárců, konkrétně rozklad variant antigenů na jednotlivé možné varianty pro všechny lokusy v závislosti na rozlišení typizace (rozklad NMDP, MAC kódů, sérologická data apod.), metody sestavování kombinací všech možných haplotypů (HLA-A/B/C/DRB1/DQB1 a jejich podmnožin) nad možnými variantami a tvorbu všech možných genotypů pro každého dárce, EM algoritmus využívaný pro odhad pravděpodobností genotypů i haplotypů (identifikace pravděpodobnostních modelů) a realizaci samotného vyhledávání dle požadovaných kritérií včetně vizualizace výsledků vyhledávání.

Název v anglickém jazyce

A Scalable Method for Efficient Stem Cell Donor HLA Genotype Match Determination

Popis výsledku anglicky

It is a methodology for potential bone marrow donors matching , which is based on the use of probabilistic models of unrelated donors haplotypes with ambiguous typing and probabilistic models of patient-donor histocompatibility . The input to the searchis a actual list of all worldwide known haplotypes and list of donors typing. The methodology describes the steps needed for finding potentially match donors, namely antigens decomposition on the various possible options for all loci , depending on the typing resolution (NMDP, MAC codes, serological data decomposition, etc. ), methods of assembling a combination of all possible haplotypes (HLA -A / B/C/DRB1/DQB1 and their subsets) using possible antigen/allele options and the formation of all possible genotypes for each donor, EM algorithm used to estimate the probability of genotypes and haplotypes (identification of probabilistic models) and implementation of the donor search according to the required criteria, including visualization

Druh

N_metC - Metodiky certifikované oprávněným orgánem

CEP obor

IN - Informatika

OECD FORD obor

—

Projekt

<a href="/cs/project/TA01010342" target="_blank" >TA01010342: Výzkum a vývoj pokročilých IT technologií podpory vyhledávání dárce pro transplantaci kostní dřeně</a><br>

Návaznosti

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)

Rok uplatnění

2014

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Interní identifikační kód produktu

DNAvyhledavani

Číslo předpisu

20140101 - STDC - Standards, Search Algorithm Subcommittee - http://login.wmda.info/index.php?id=qawg-sa-gen&type=1

Technické parametry

Výsledek je plánovaným výstupem TA ČR TA01010342 s počátkem řešení od 1.1.2011 - 31.12.2014. Kontaktní osoba ZČU: Daniel GEORGIEV, PhD., Západočeská univerzita v Plzni, Nové technologie pro informační společnost, Univerzitní 22, 306 14 Plzeň (georgiev@kky.zcu.cz). 2014-003

Ekonomické parametry

Metodika je plánovaným výstupem projektu TA01010342, jehož ekonomický přínos je definován jako relevantní podíl přínosů projektu. Výsledek umožní zvýšení objemu a zisku v aplikovaném výzkumu a zvýší přesnost a správnost údajů nutných při výběru vhodnéhodárce krvetvorných buněk, čímž dojde k urychlení a zpřesnění výběru dárců v rámci transplantačního procesu.

Označení certifikačního orgánu

WMDA (World Marrow Donors Association), Plesmanlaan 1b, 6th floor 2333 BZ Leiden, The Netherlands

Datum certifikace

—

Způsoby využití výsledku

B - Výsledek je využíván orgány státní nebo veřejné správy