PlaceBack

Kód výsledku v IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F49777513%3A23520%2F25%3A43978224" target="_blank" >RIV/49777513:23520/25:43978224 - isvavai.cz</a>
Výsledek na webu
<a href="https://www.kky.zcu.cz/en/Tools/placeback" target="_blank" >https://www.kky.zcu.cz/en/Tools/placeback</a>
DOI - Digital Object Identifier
—

Jazyk výsledku
angličtina
Název v původním jazyce
PlaceBack
Popis výsledku v původním jazyce
This tool enables in silico design of synthetic promoters in yeast by predicting optimal insertion sites for transcription factor binding sites (TFBSs). Unlike synthetic promoter libraries that ignore native genomic context, our model leverages an artificial neural network (ANN) framework trained specifically on yeast promoter sequences to suggest context-aware promoter–TFBS recombinations. This predictive approach reduces experimental trial-and-error and enables scalable engineering of regulatory sequences for applications in synthetic biology, metabolic engineering, and transcriptional network rewiring.
Název v anglickém jazyce
PlaceBack
Popis výsledku anglicky
This tool enables in silico design of synthetic promoters in yeast by predicting optimal insertion sites for transcription factor binding sites (TFBSs). Unlike synthetic promoter libraries that ignore native genomic context, our model leverages an artificial neural network (ANN) framework trained specifically on yeast promoter sequences to suggest context-aware promoter–TFBS recombinations. This predictive approach reduces experimental trial-and-error and enables scalable engineering of regulatory sequences for applications in synthetic biology, metabolic engineering, and transcriptional network rewiring.

Projekt
<a href="/cs/project/LM2023055" target="_blank" >LM2023055: Česká národní infrastruktura pro biologická data</a><br>
Návaznosti
P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)

Rok uplatnění
2025
Kód důvěrnosti údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Interní identifikační kód produktu
PlaceBack
Technické parametry
Software pro prediktivní návrh syntetických promotorů u kvasinek pomocí neuronových sítí (architektura Transformer). Nástroj umožňuje in silico optimalizaci vkládání vazebných míst transkripčních faktorů (TFBS) do DNA. Kontaktní osoba: Ing. Lukáš Kuhajda, email: kuhajdal@ntis.zcu.cz, tel: +420 377 632 590, adresa: Technická 8, Plzeň. Smlouva o účasti na řešení projektu velké infrastruktury, SML/5200/0057/23,datum uzavření: 11.5.2023,Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v.v.i. IČ: 61388963
Ekonomické parametry
Zefektivnění procesu tvorby logických bran v regulačních sekvencích DNA. Hlavním efektem je úspora času a nákladů na laboratorní experimenty díky eliminaci metod pokus–omyl při návrhu funkčních genetických konstruktů.
IČO vlastníka výsledku
49777513
Název vlastníka
Západočeská univerzita v Plzni

Podobné výsledky(10)