Návrh a optimalizace primerů pro detekci Ralstonia solanacearum metodou loop-mediated isothermal amplification

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F60076658%3A12220%2F18%3A43897618" target="_blank" >RIV/60076658:12220/18:43897618 - isvavai.cz</a>

Výsledek na webu

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Jazyk výsledku

čeština

Název v původním jazyce

Návrh a optimalizace primerů pro detekci Ralstonia solanacearum metodou loop-mediated isothermal amplification

Popis výsledku v původním jazyce

Cílem této práce bylo navrhnout sadu primerů pro metodu loop-mediated isothermal amplification (LAMP), která je specifická pro fytopatogenní bakterii Ralstonia solanacearum. Specifita primerů umožnuje metodě LAMP rozlišit Ralstonia solanacearum od ostatních fytopatogenních bakterií napadající rajče, papriku a brambor. Za pomoci této metody lze rychle detekovat a identifikovat bakterie. Geny byly vybrány pomocí databáze NCBI a následně byla porovnávána jejich odlišnost v programu MEGA 7. Primery byly navržené tak, aby odpovídaly specifickým úsekům genu fliC, u kterého bylo nalezeno nejvíce odlišností od ostatních bakterií. Návrh primerů byl proveden v programu Primer Exploler V4 za předem definovaných podmínek a kritérií. Specifita primerů byla testována pomocí programu NCBI Blast. Primery F3 a B3 byly testovány laboratorně pomocí metody PCR.

Název v anglickém jazyce

Design and optimization of primers for the detection of Ralstonia solanacearum by loop-mediated isothermal amplification

Popis výsledku anglicky

The aim of this work was design a set of primers for the loop-mediated isothermal amplification (LAMP) method, which is specific for the phytopathogenic bacteria Ralstonia solanacearum. The specificity of the primers allow the LAMP method to distinguish Ralstonia solanacearum from other phytopathogenic bacteria infecting tomato, pepper and potato. Using this method, rapid detection and identification of the bacteria can be done. The genes were selected using the NCBI database and the difference among the genes was then compared in the MEGA 7 program. The primers were designed to the specific segments of the fliC gene, which DNA sequence was most different from other bacteria. Primers was designed in program Primer Exlpoler V4 with certain conditions and criteria. Specificity of the primers was tested in NCBI Blast program. The F3 and B3 primers were laboratory tested using PCR method.

Druh

J_ost - Ostatní články v recenzovaných periodicích

CEP obor

—

OECD FORD obor

40401 - Agricultural biotechnology and food biotechnology

Projekt

—

Návaznosti

S - Specificky vyzkum na vysokych skolach

Rok uplatnění

2018

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Název periodika

Úroda

ISSN

0139-6013

e-ISSN

—

Svazek periodika

12

Číslo periodika v rámci svazku

LXVI

Stát vydavatele periodika

CZ - Česká republika

Počet stran výsledku

4

Strana od-do

243-246

Kód UT WoS článku

—

EID výsledku v databázi Scopus

—