Vše

Co hledáte?

Vše
Projekty
Výsledky výzkumu
Subjekty

Rychlé hledání

  • Projekty podpořené TA ČR
  • Významné projekty
  • Projekty s nejvyšší státní podporou
  • Aktuálně běžící projekty

Chytré vyhledávání

  • Takto najdu konkrétní +slovo
  • Takto z výsledků -slovo zcela vynechám
  • “Takto můžu najít celou frázi”

Explorative Meta-Analysis of 377 Extant Fungal Genomes Predicted a Total Mycobiome Functionality of 42.4 Million KEGG Functions

Identifikátory výsledku

  • Kód výsledku v IS VaVaI

    <a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F60076658%3A12310%2F20%3A43901322" target="_blank" >RIV/60076658:12310/20:43901322 - isvavai.cz</a>

  • Nalezeny alternativní kódy

    RIV/61388971:_____/20:00525006

  • Výsledek na webu

    <a href="https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fmicb.2020.00143/full" target="_blank" >https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fmicb.2020.00143/full</a>

  • DOI - Digital Object Identifier

    <a href="http://dx.doi.org/10.3389/fmicb.2020.00143" target="_blank" >10.3389/fmicb.2020.00143</a>

Alternativní jazyky

  • Jazyk výsledku

    angličtina

  • Název v původním jazyce

    Explorative Meta-Analysis of 377 Extant Fungal Genomes Predicted a Total Mycobiome Functionality of 42.4 Million KEGG Functions

  • Popis výsledku v původním jazyce

    Unveiling the relationship between taxonomy and function of the microbiome is crucial to determine its contribution to ecosystem functioning. However, while there is a considerable amount of information on microbial taxonomic diversity, our understanding of its relationship to functional diversity is still scarce. Here, we used a meta-analysis of completely annotated extant genomes of 377 taxonomically distinct fungal species to predict the total fungal microbiome functionality on Earth with accumulation curves (ACs) of all known functions from the level 3 of KEGG Orthology using both parametric and non-parametric estimates in an explorative data-mining approach. The unsaturated model extrapolating functional diversity as a function of species richness described the ACs significantly better than the saturated model that assumed a limited total number of functions, which suggested the presence of widespread and rare functions. Based on previous estimates of 3.8 million fungal species on Earth, we propagated the unsaturated model to predict a total of 42.4 +/- 0.5 million KEGG level 3 functions of which only 0.06% are known today. Our approach not only highlights the presence of widespread and rare functions but points toward the necessity of novel and more sophisticated methods to unveil the entirety of functions to fully understand the involvement of the fungal microbiome in ecosystem functioning.

  • Název v anglickém jazyce

    Explorative Meta-Analysis of 377 Extant Fungal Genomes Predicted a Total Mycobiome Functionality of 42.4 Million KEGG Functions

  • Popis výsledku anglicky

    Unveiling the relationship between taxonomy and function of the microbiome is crucial to determine its contribution to ecosystem functioning. However, while there is a considerable amount of information on microbial taxonomic diversity, our understanding of its relationship to functional diversity is still scarce. Here, we used a meta-analysis of completely annotated extant genomes of 377 taxonomically distinct fungal species to predict the total fungal microbiome functionality on Earth with accumulation curves (ACs) of all known functions from the level 3 of KEGG Orthology using both parametric and non-parametric estimates in an explorative data-mining approach. The unsaturated model extrapolating functional diversity as a function of species richness described the ACs significantly better than the saturated model that assumed a limited total number of functions, which suggested the presence of widespread and rare functions. Based on previous estimates of 3.8 million fungal species on Earth, we propagated the unsaturated model to predict a total of 42.4 +/- 0.5 million KEGG level 3 functions of which only 0.06% are known today. Our approach not only highlights the presence of widespread and rare functions but points toward the necessity of novel and more sophisticated methods to unveil the entirety of functions to fully understand the involvement of the fungal microbiome in ecosystem functioning.

Klasifikace

  • Druh

    J<sub>imp</sub> - Článek v periodiku v databázi Web of Science

  • CEP obor

  • OECD FORD obor

    10606 - Microbiology

Návaznosti výsledku

  • Projekt

    <a href="/cs/project/GJ20-02022Y" target="_blank" >GJ20-02022Y: Úsvit mrtvých: Chemické složení a obrat mrtvé mikrobiální biomasy a její role v potravním řetězci v půdě</a><br>

  • Návaznosti

    I - Institucionalni podpora na dlouhodoby koncepcni rozvoj vyzkumne organizace

Ostatní

  • Rok uplatnění

    2020

  • Kód důvěrnosti údajů

    S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Údaje specifické pro druh výsledku

  • Název periodika

    Frontiers in Microbiology

  • ISSN

    1664-302X

  • e-ISSN

  • Svazek periodika

    11

  • Číslo periodika v rámci svazku

    FEB 6 2020

  • Stát vydavatele periodika

    CH - Švýcarská konfederace

  • Počet stran výsledku

    9

  • Strana od-do

  • Kód UT WoS článku

    000517250200001

  • EID výsledku v databázi Scopus

    2-s2.0-85079614858