Izolace a charakterizace vysoce repetitivní frakce genomu banánovníku
Identifikátory výsledku
Kód výsledku v IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F60077344%3A_____%2F07%3A00305799" target="_blank" >RIV/60077344:_____/07:00305799 - isvavai.cz</a>
Nalezeny alternativní kódy
RIV/61389030:_____/07:00305799
Výsledek na webu
—
DOI - Digital Object Identifier
—
Alternativní jazyky
Jazyk výsledku
angličtina
Název v původním jazyce
Isolation and characterization of the highly repeated fraction of the banana genome
Popis výsledku v původním jazyce
Although the nuclear genome of banana (Musa spp.) is relatively small (1C 610 Mbp for M. acuminata ), the results obtained from other sequenced genomes suggest that more than half of the banana genome may be composed of repetitive and non-coding DNA sequences. Knowledge of repetitive DNA can facilitate mapping of important traits, phylogenetic studies, BAC-based physical mapping, and genome sequencing/annotation. However, only a few repetitive DNA sequences have been characterized in banana. In this work, we used DNA reassociation kinetics to isolate the highly repeated fraction of the banana genome (M. acuminata Calcutta 4?). Two libraries, one prepared from Cot < 0.05 DNA (2,688 clones) and one from Cot < 0.1 sequences (4,608 clones), were constructed, and 614 DNA clones were chosen randomly for sequencing and further characterization. Dot-plot analysis revealed that 14% of the sequenced clones contained various semi-tandem and palindromic repeated sequences. BLAST? homology searches
Název v anglickém jazyce
Isolation and characterization of the highly repeated fraction of the banana genome
Popis výsledku anglicky
Although the nuclear genome of banana (Musa spp.) is relatively small (1C 610 Mbp for M. acuminata ), the results obtained from other sequenced genomes suggest that more than half of the banana genome may be composed of repetitive and non-coding DNA sequences. Knowledge of repetitive DNA can facilitate mapping of important traits, phylogenetic studies, BAC-based physical mapping, and genome sequencing/annotation. However, only a few repetitive DNA sequences have been characterized in banana. In this work, we used DNA reassociation kinetics to isolate the highly repeated fraction of the banana genome (M. acuminata Calcutta 4?). Two libraries, one prepared from Cot < 0.05 DNA (2,688 clones) and one from Cot < 0.1 sequences (4,608 clones), were constructed, and 614 DNA clones were chosen randomly for sequencing and further characterization. Dot-plot analysis revealed that 14% of the sequenced clones contained various semi-tandem and palindromic repeated sequences. BLAST? homology searches
Klasifikace
Druh
J<sub>x</sub> - Nezařazeno - Článek v odborném periodiku (Jimp, Jsc a Jost)
CEP obor
EB - Genetika a molekulární biologie
OECD FORD obor
—
Návaznosti výsledku
Projekt
Výsledek vznikl pri realizaci vícero projektů. Více informací v záložce Projekty.
Návaznosti
P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)<br>Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)<br>V - Vyzkumna aktivita podporovana z jinych verejnych zdroju
Ostatní
Rok uplatnění
2007
Kód důvěrnosti údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Údaje specifické pro druh výsledku
Název periodika
Cytogenetics and Genome Research
ISSN
1424-8581
e-ISSN
—
Svazek periodika
119
Číslo periodika v rámci svazku
3-4
Stát vydavatele periodika
CH - Švýcarská konfederace
Počet stran výsledku
7
Strana od-do
268-274
Kód UT WoS článku
—
EID výsledku v databázi Scopus
—