Evaluation of the denaturing gradient gel electrophoresis-apparatus as a parameter influencing soil microbial community fingerprinting

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F60077344%3A_____%2F10%3A00349793" target="_blank" >RIV/60077344:_____/10:00349793 - isvavai.cz</a>

Nalezeny alternativní kódy

RIV/60076658:12310/10:00012023

Výsledek na webu

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Jazyk výsledku

angličtina

Název v původním jazyce

Evaluation of the denaturing gradient gel electrophoresis-apparatus as a parameter influencing soil microbial community fingerprinting

Popis výsledku v původním jazyce

We compared two denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE) systems-DCode (Biorad, Hercules, CA, USA) and PhorU (Ingeny, Leiden, NL), performing community level 16S and 18S rRNA gene fragment-PCR-DGGE with total DNA extracted from upland pasture soilused for outdoor cattle husbandry. The methodological evaluation of the DGGE apparatus as parameter influencing DGGE fingerprinting, based on cluster analysis of soil bacterial and fungal community fingerprints, was made in terms of the resulting information about microbial community structures and their response to different degrees of cattle impact. Although the comparative DGGE analysis with different DGGE systems provided similar clustering of microbial community structures in correlation with the degree of cattle impact, our results suggest the DGGE system to be a factor influencing DGGE analysis.

Název v anglickém jazyce

Evaluation of the denaturing gradient gel electrophoresis-apparatus as a parameter influencing soil microbial community fingerprinting

Popis výsledku anglicky

We compared two denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE) systems-DCode (Biorad, Hercules, CA, USA) and PhorU (Ingeny, Leiden, NL), performing community level 16S and 18S rRNA gene fragment-PCR-DGGE with total DNA extracted from upland pasture soilused for outdoor cattle husbandry. The methodological evaluation of the DGGE apparatus as parameter influencing DGGE fingerprinting, based on cluster analysis of soil bacterial and fungal community fingerprints, was made in terms of the resulting information about microbial community structures and their response to different degrees of cattle impact. Although the comparative DGGE analysis with different DGGE systems provided similar clustering of microbial community structures in correlation with the degree of cattle impact, our results suggest the DGGE system to be a factor influencing DGGE analysis.

Druh

J_x - Nezařazeno - Článek v odborném periodiku (Jimp, Jsc a Jost)

CEP obor

EH - Ekologie – společenstva

OECD FORD obor

—

Projekt

Výsledek vznikl pri realizaci vícero projektů. Více informací v záložce Projekty.

Návaznosti

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)<br>Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)

Rok uplatnění

2010

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Název periodika

World Journal of Microbiology and Biotechnology

ISSN

0959-3993

e-ISSN

—

Svazek periodika

26

Číslo periodika v rámci svazku

9

Stát vydavatele periodika

NL - Nizozemsko

Počet stran výsledku

6

Strana od-do

—

Kód UT WoS článku

000280642800021

EID výsledku v databázi Scopus

—