Vše

Co hledáte?

Vše
Projekty
Výsledky výzkumu
Subjekty

Rychlé hledání

  • Projekty podpořené TA ČR
  • Významné projekty
  • Projekty s nejvyšší státní podporou
  • Aktuálně běžící projekty

Chytré vyhledávání

  • Takto najdu konkrétní +slovo
  • Takto z výsledků -slovo zcela vynechám
  • “Takto můžu najít celou frázi”

Next Generation Sequencing-Based Analysis of Repetitive DNA in the Model Dioceous Plant Silene latifolia

Identifikátory výsledku

  • Kód výsledku v IS VaVaI

    <a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F60077344%3A_____%2F11%3A00367358" target="_blank" >RIV/60077344:_____/11:00367358 - isvavai.cz</a>

  • Nalezeny alternativní kódy

    RIV/68081707:_____/11:00367358

  • Výsledek na webu

    <a href="http://dx.doi.org/10.1371/journal.pone.0027335" target="_blank" >http://dx.doi.org/10.1371/journal.pone.0027335</a>

  • DOI - Digital Object Identifier

    <a href="http://dx.doi.org/10.1371/journal.pone.0027335" target="_blank" >10.1371/journal.pone.0027335</a>

Alternativní jazyky

  • Jazyk výsledku

    angličtina

  • Název v původním jazyce

    Next Generation Sequencing-Based Analysis of Repetitive DNA in the Model Dioceous Plant Silene latifolia

  • Popis výsledku v původním jazyce

    We performed low-pass 454 sequencing followed by similarity-based clustering of 454 reads in order to identify and characterize sequences of all major groups of S. latifolia repeats. Illumina sequencing data from male and female genomes were also generated and employed to quantify the genomic proportions of individual repeat families. The majority of identified repeats belonged to LTR-retrotransposons, constituting about 50% of genomic DNA, with Ty3/gypsy elements being more frequent than Ty1/copia. While there were differences between the male and female genome in the abundance of several repeat families, their overall repeat composition was highly similar. Specific localization patterns on sex chromosomes were found for several satellite repeats using in situ hybridization with probes based on k-mer frequency analysis of Illumina sequencing data.

  • Název v anglickém jazyce

    Next Generation Sequencing-Based Analysis of Repetitive DNA in the Model Dioceous Plant Silene latifolia

  • Popis výsledku anglicky

    We performed low-pass 454 sequencing followed by similarity-based clustering of 454 reads in order to identify and characterize sequences of all major groups of S. latifolia repeats. Illumina sequencing data from male and female genomes were also generated and employed to quantify the genomic proportions of individual repeat families. The majority of identified repeats belonged to LTR-retrotransposons, constituting about 50% of genomic DNA, with Ty3/gypsy elements being more frequent than Ty1/copia. While there were differences between the male and female genome in the abundance of several repeat families, their overall repeat composition was highly similar. Specific localization patterns on sex chromosomes were found for several satellite repeats using in situ hybridization with probes based on k-mer frequency analysis of Illumina sequencing data.

Klasifikace

  • Druh

    J<sub>x</sub> - Nezařazeno - Článek v odborném periodiku (Jimp, Jsc a Jost)

  • CEP obor

    EB - Genetika a molekulární biologie

  • OECD FORD obor

Návaznosti výsledku

  • Projekt

    Výsledek vznikl pri realizaci vícero projektů. Více informací v záložce Projekty.

  • Návaznosti

    Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)

Ostatní

  • Rok uplatnění

    2011

  • Kód důvěrnosti údajů

    S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Údaje specifické pro druh výsledku

  • Název periodika

    PLoS ONE

  • ISSN

    1932-6203

  • e-ISSN

  • Svazek periodika

    6

  • Číslo periodika v rámci svazku

    11

  • Stát vydavatele periodika

    US - Spojené státy americké

  • Počet stran výsledku

    12

  • Strana od-do

    "e27335"

  • Kód UT WoS článku

    000297350800044

  • EID výsledku v databázi Scopus